中华人民共和国营业税暂行条例实施细则(财政部令第52号)
第十六条 除本细则第七条规定外,纳税人提供建筑业劳务(不含装饰劳务)的,其营业额应当包括工程所用原材料、设备及其他物资和动力价款在内,但不包括建设方提供的设备的价款。
第七条 纳税人的下列混合销售行为,应当分别核算应税劳务的营业额和货物的销售额,其应税劳务的营业额缴纳营业税,货物销售额不缴纳营业税;未分别核算的,由主管税务机关核定其应税劳务的营业额:
(一)提供建筑业劳务的同时销售自产货物的行为;
(二)财政部、国家税务总局规定的其他情形。
你描述的情况,已公司为施工方,甲公司为建设方,甲公司提供了500万元的材料,不属于设备,因此,应将该500万元连同乙公司取得的收入一块来计算营业税。