为加强皇权,朱元璋废除宰相制,吏、户、礼、兵、刑、工六部长官直接对皇帝负责。地方设承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司分掌行政、司法和军事事务。军事上,设五军都督府,与兵部分掌卫所官兵的调遣和使用。
又设特务机构东厂、西厂、锦衣卫及内行厂,刺探臣民隐事和活动。
经济上,编制黄册以加强人口户籍控制;编绘“鱼鱗图册”,加强对土地的控制;建粮长制度以保障税、租的征取;建里甲关津制度,强化农民对土地的依附程度。
在思想、教育方面,科举以八股取士,用“四书五经”命题。兴文字狱,监督、限制士儒思想言论。建国初期捕杀功臣,以防功臣老将专横拔扈。“靖难之役”后,明成祖创内阁雏形,宣宗正式创立内阁制度,给入阁大臣以殿阁大学士名目,使集权体制稍有变化,但加强集权的意图未变。
同时,重用宦官,致使明中期以后阉党势力恶性发展,一度把持朝政,扰乱朝纲,成为政治生活中的棘手问题。