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眼虫既不属于动物类，也不属于植物类。它属于原生门生物，虽然能像普通植物一样进行光合作用来制造养分，但是它没有细胞壁。 眼虫的植物体为单细胞，外有坚固的周皮(periplast)，顶端凹处有一胞口(cytostoma)，口下有管状的胞咽(cytopharynx)，基底则为一呈小胞状的贮存泡(reservoir)，自细胞口至贮存泡为止的管道，就是食管(gullet)。 从贮蓄泡之基底长出1-2条鞭毛，其基部具有小颗粒之毛基体(blepharoplast)。鞭毛是由一或二条中纤维轴(axoneme)，外包于一鞘层之内而构成，其长鞭毛属于栉(梳)型。 细胞口至贮蓄泡之间，在一侧面有眼点(sti...全部
眼虫既不属于动物类，也不属于植物类。它属于原生门生物，虽然能像普通植物一样进行光合作用来制造养分，但是它没有细胞壁。 眼虫的植物体为单细胞，外有坚固的周皮(periplast)，顶端凹处有一胞口(cytostoma)，口下有管状的胞咽(cytopharynx)，基底则为一呈小胞状的贮存泡(reservoir)，自细胞口至贮存泡为止的管道，就是食管(gullet)。
从贮蓄泡之基底长出1-2条鞭毛，其基部具有小颗粒之毛基体(blepharoplast)。鞭毛是由一或二条中纤维轴(axoneme)，外包于一鞘层之内而构成，其长鞭毛属于栉(梳)型。 细胞口至贮蓄泡之间，在一侧面有眼点(stigma)和伸缩泡(contractile vacuole)。
眼点有感光的功用，由许多颗粒聚集在一个无色的凸凹模型内。靠近眼点的鞭毛上，有一膨胀部分，即鞭毛瘤(flagellar swelling)，对光非常敏感，而眼点则对其有感光保护作用，以避免光线射到鞭毛之膨胀部分。
眼点在细胞分裂时，亦是一分为二，由此可知其为已存在而非新生。 伸缩泡接近贮蓄泡，且与之相连。伸缩泡因废物之排出而常见消失，代之而来的则是液泡(vacuole)，由此知伸缩泡是来自液泡。眼虫的体内有圆板形、薄板形或星形的色素体，所含的色素有叶绿素a和b，类胡萝卜素及叶黄素等，每色素体中藏有一淀粉核(pyrenoid)。
眼虫的叶绿体为叶绿体内质网所围绕，其中的叶绿饼(grana)由3层的叶绿层(thylakoid)所迭成。 眼虫体内有明显的核，核的中心有明显的内体(endosome)，在核的附近有连接核与毛基体的纤维状构造，称为根索(rhizoplast)，其靠近核的一端有一小颗粒，称为根索粒(rhizoplastic granule)。
除此之外，眼虫细胞内尚有粒腺体、液泡、高尔基质和黏液体等眼虫的生殖 眼虫的生活史可有三个时期，即鞭毛时期、胞囊时期及不定群体时期。不过不定群体时期并非所有眼虫类有之。 眼虫之生殖，以无性之二纵分裂为主，并发生于鞭毛时期。
所谓二纵分裂，就是在体分裂之前，先由核及其中的内体，按照普通之核分裂方法，包括经过前期、中期、后期及末期等次序，最后体亦随之纵向分为两半而完成两个子个体。 除上述纵分生殖外，眼虫又能产生细胞壁薄之胞囊(cyst)来繁殖。
胞囊之型式有分裂胞囊、休止胞囊及保护胞囊等。保护胞囊其内为单细胞，具有较厚壁，分裂胞囊内有多细胞或单细胞，囊壁颇薄，休止胞囊的壁颇厚，细胞尚具鞭毛且可在囊内活动。 眼虫的有性生殖，虽亦有事实的报导，但详细情形仍未完全明朗。
眼虫的生理生态 眼虫依栖息环境的不同，其生理大有差异。一般水里的眼虫都利用其叶绿素来营光合作用。眼虫所含胡萝卜素之主要者，则为β-胡萝卜素，其它尚有花黄素(antheraxanthin)，青绿素(astaxanthin)，新黄素(neoxanthin)及玉米黄素(zeaxanthin)等。
和光合作用有关的色素，在眼虫类是以叶绿素b为主。 眼虫营光合作用，其同化产物为油脂与眼虫淀粉。后者在淀粉核之表面形成，然后自核面分离出来。所谓眼虫淀粉是一种高分子的醣类，不为碘液或氧化锌染色，可溶于浓硫酸和氢氧化钾，可水解为葡萄糖。
主要的油脂为麦角醇(ergosterol)。 眼虫种类中当然也有不具光合成色素而完全要靠有机营养而生存者。在不含叶绿素而专营有机营养而生活者，则全赖有机化合物为碳素的来源。 眼虫高速度的鞭毛运动，即鞭毛自基部开始渐次旋动，使水成波而向顶端推进。
除泳动之外，尚有作滑行或匍匐运动者。眼虫的分布 眼虫每多量存在于富含有机物质的淡水，例如湖沼和池塘内，因为其含量特多，每使淡水变色，例如扁眼虫使水变绿以及糙皮藻使水变成黄褐色等，特别是在水温较高时更是如此。
眼虫的分布以淡水为主，但在河堤、海湾湿土或含盐沼泽中亦有之，此外在其它藻类体上、植物碎片、及小甲壳类的体上亦能见到。至于营有机性的种类则多见之于下水道的水内。
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