作战时,舰艇作战系统发现来袭目标,进行目标识别和威胁判断等处理后,控制防空导弹和小口径速射火炮在不同的区域,对不同或相同的目标进行打击。多数情况下,导弹和火炮弹丸在空中的轨迹没有重叠,即使有部分重叠,由于发射时间不同,导弹和火炮弹丸经过轨迹重叠区的时间一般也不相同,因此,在通常情况下火炮弹丸是不会击中己舰发射的导弹。
但是在一些特殊情况下,火炮弹丸击中已舰导弹的可能性还是存在的,为了避免火力冲突并提高已舰的安全性,在某些国家的水面舰艇上,才取了专门的措施来协调导弹 和火炮的火力,以避免这种情况的发生。