目前有五种说法:
一私人得到说。胡承志交出装有北京猿人化石的箱子后逃离了协和医院。另一个是息式白女士偷梁换柱。都缺乏充足的证据。
二美国得到说。把复制品放在地质所的保险柜里,将真品运往美国。
三日本得到说。北京人化石装上哈里逊总统号运往美国,但被日军缴获了,运往日本。
四海沉说。北京人化石装上哈里逊总统号运往美国途中,遭难沉入海底了。
还有人进一步推测,沉没海底后,被锭者找到,被日本人灭口,由一艘日本驳船运往横滨,途中遭遇美国空军袭击,沉没于渤海湾附近。
五中国藏起来说。中国人类学家周国兴提出,北京人化石埋到大使馆的后院里。