巡航导弹与弹道导弹的最大区别是飞行方式不同。巡航导弹是在起飞的较短时间内点火,在高空发动机就因燃料燃尽而关闭。而巡航导弹在命中目标之前发动机始终在工作。正因为如此,导弹的发动机都是采用火箭发动机,需要自带氧化剂;而巡航导弹一般都用涡轮或涡扇或冲压发动机,不需要自带氧化剂。
也就出现了弹道导弹的飞行大部分是在大气层外而巡航导弹是贴近地面或水面。巡航导弹的飞行空域都是在敌方的防空雷达盲区里。从作战环境来说巡航导弹分为反舰巡航导弹和地对地巡航导弹。
在技术上,反舰迅航导弹比对地巡航导弹要复杂一些。反舰巡航导弹如中国的C-802导弹,发射后飞行高度一般不超过20米,在中间过程甚至是擦着浪尖飞行。 但当到达目标附近后,会急剧爬升,采用较大的攻角,从敌方头顶攻击。
在这一过程中,导弹在高度变化时,在爬升与末段攻击时,弹体都不是水平的。对地巡航导弹大致也是如此,只不过对地导弹在飞行过程中就要爬山过河,蹿高伏低,弹体也不可能始终保持水平。