中医理论认为脑为人体生命中枢之所在，是维持、调节和指挥整个人体生命活动的最高主宰，统治着整个生命活动的始终。朱沛文在《华洋脏象约纂》中指出：“夫居元首之内，贯腰脊之中，统领官骸，联络关节，为魂魄之穴宅，性命之枢机者，脑髓是也”。
脑居颅内，由髓汇集而成。：《素问•五脏生成篇》说：“诸髓者，皆属于脑”。 《灵枢•海论》说：“脑为髓海”。在《内经》中，通过取类比象的方法，把人与自然联系起来，强调人身之头属天阳之位，乃至贵至高之脏。
张景岳《类经》注云：“人之脑为髓海，是谓上丹田，太乙帝君所居”。《素问遗篇•本病论》云：“神游上丹田，在太乙帝君泥丸宫之下”。谢观在《中国医学大辞典》中训“太乙帝君”为“脑髓也。 脑为人体之所最尊，犹神明中之太乙帝君”。
说明在《内经》时代就已认识到月凶为人体之最局主宰。脑为气血精华汇集之处，《灵枢•本神篇》云：“人之气血精神者，所以奉生而同于性命也”，说明脑是阴精与清阳融会贯通之所，气血汇集之处，为全身最重要的器官。
《素问•灵兰秘典论》云：“心者，君主之官，……主明则下安，……主不明则十二官危”。 明•赵献可在《医贯•内经十二官论》中对此提出异议：“愚谓人身别有一主非心也。……当与十二官平等，不得独尊心之官为主。
若以心之官为主，则下文主不明则十二官危,当云十一官矣”。喻嘉言《寓意草•沙宅小儿治验》云：“头为一身之元首，穹然居上，乃主脏而不奉脏者也”。近代医家冉雪峰说道：“是十二官皆秉承于天上玉清的脑，十二官不得相失，十二官于脑更不得相失”。
这些论述把大脑的地位凌驾于其他脏腑之上，“主脏而不奉脏”，突出了脑在脏腑中的首脑核心地位,认为其是全身之大主，人体之最高主宰。《蒲辅周医疗经验》阐述的更为明确：“《内经》云：‘主明则下安’，‘主不明则十二官危’。
十二官指脏腑，其中心脏也在内。主就是大脑，……主和脏腑的关系，就是现代医学中枢神经系统和脏腑组织的关系”。 《内经》还从病理角度论述了脑之重要性，《素问•刺禁论》云：“藏有要害，不可不察，……刺中心，一日死；……刺中肝，五日死；……刺中肾，六日死；……刺中肺，三日死；……刺中脾，十日死；……刺中胆，一日半死；……刺头，中脑户，入脑立死”，由此可见，对人类生命影响最大的是脑。
其后王肯堂在《证治准绳》中亦云：“盖髓海真气之所聚，卒不受邪，受邪则死不可治”，同样从病理角度反证了脑在生命活动中的重要性。脏的共同生理特点是化生和贮藏精气，即所谓“藏精气而不泻”。
腑的共同生理特点为受盛和传化物，即所谓“泻而不藏”。《素问•五脏别论》指出：“所谓五脏者，藏精气而不泻也，故满而不能实。 六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也”。但奇恒之府是指形态上类似腑、功能上类似于脏的器官。
奇恒之腑中空而区别于脏，藏精气而不泄而有别于腑。脑位于头颅之内，乃髓汇集之处，为髓之海，具有藏精气而不泻，但无中空之特点，完全有别于骨、脉、胆、女子胞，故脑不应归于奇恒之府而应当归于脏。 明•喻嘉言在《寓意草•沙宅小儿治验》中指出：“……诚之脑之自为一脏”，明确提出脑应该自为一脏。
脏的共同生理特点是化生和贮藏精气，即所谓“藏精气而不泻”。就脑的生理特性和解剖形态而言，脑与心肝肾等主要内脏同时或稍前形成。如《灵枢•经脉》云：“人始生，先成精，精成而脑髓生”。 清•王清任在《医林改错•脑髓说》中亦云:“精质之清者，化而为髓，由脊骨上行入脑，名曰脑髓”，说明脑由先天之精所化生。
《灵枢•决气》又云：“谷气人满，淖泽于骨……补益脑髓”。进一步指出脑髓还需要后天水谷之精以补益。可见脑中所藏之精气包含有先天之精和后天之精，脑具有藏精之生理特点。 因此，脑应属于脏的范畴而非奇恒之府。
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