请问如何查找某一特定基因的序列以及它的SNP位点?
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因,随着人类基因组草图的完成,这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物,一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例,简单说一下基本过程。
1。登陆PubMed,设定检索词,定位目标基因(所有序列资料在里面都有,直接或通过链接)
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接,获取基因序列或者mRNA序列。
3。基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索,这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料,并进行了分...全部
寻找基因序列要看你的实验目的而定。完整基因序列应该是包括mRNA和内含子序列的完整基因,随着人类基因组草图的完成,这些序列都能从NCBI网站获得。通常我们需要的是cDNA序列。克隆基因要根据长度设计引物,一般并不需要扩增全长基因。
下面就以你提到的人APC基因为例,简单说一下基本过程。
1。登陆PubMed,设定检索词,定位目标基因(所有序列资料在里面都有,直接或通过链接)
2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接,获取基因序列或者mRNA序列。
3。基因SNP一般在dbSNP和CGAP数据库中进行检索,这些数据库中已经根据EST序列分析获取了SNP资料,并进行了分类,例如编码区和非编码区的SNP;同义或者错义SNP等。
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当然这种通过数据库挖掘(databases mining)的办法获取的SNP信息很大部分还需要进一步的实验验证。
下面截几张图,希望有助于理解:
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1。
登陆PubMed,设定检索词,定位目标基因(所有序列资料在里面都有,直接或通过链接)
(缩略图,点击图片链接看原图)
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2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接,获取基因的mRNA序列。
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2 进入Entrez Gene数据库中的人APC基因链接,获取基因序列。
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