实际上，MRI和CT同属于影像学检查，都可以把人体全身各系统器官作为检查对象，但两者之间还是存在差别。首当其冲就是对疾病的诊断各有侧重点。对于中枢神经系统（包括颅脑、脊柱）、五官系统、头颈部、四肢关节骨肌系统尤其是软组织内的病变，MRI比CT具有更高的组织分辨力。
如果要诊断脑中风、脑肿瘤、鼻咽癌、颈椎病、骨肿瘤、盆腔疾病等，就适宜做MRI检查。而CT胜在成像速度快，能短时间大范围成像，因此，诊断具有生理运动功能的器官（比如心脏、肺、肝胆脾胰等）及较长范围器官组织(比如胸主动脉、腹主动脉或上、下肢动静脉等)的病变，包括心梗、慢阻肺、肺梗塞、肺癌、肝癌、动脉粥样硬化、下肢静脉血栓等，医生会更倾向于用CT检查。
其二是检查原理不同，对受检人群的适用范围及要求也不一样。MRI相当于把人放在一个磁场里，虽没有辐射，但检查时间较长，而且对患者体内有否金属物品要求严格。如果体内装有金属支架或装置（如起搏器、心脏支架、人工关节、假体、动脉瘤银夹、弹片等），可能会因磁场导致身体的伤害，不适宜MRI检查。
对怀孕期妇女、具有幽闭恐惧症、躁动不配合的患者，则需慎重进行MRI检查。CT则是借助X射线成像，具有辐射性，但检查时间较快，没有绝对的禁忌症。对造影剂（如碘）过敏，会出现呕吐、头晕、血压波动的人群，以及心肝肺肾功能差的患者，可以只做“平扫”不做“增强”（即注射造影剂以加强检查效果），以免加重病人的病情及产生不良影响。
其三，因为辐射对人体具有损害性的缘故，进行CT检查时要注意的事项比MRI更多。MRI检查只要患者身上及体内不带有金属物品即可，像带铁圈的内衣、身上的磁卡、手表、项链、戒指、假牙、发夹等在检查之前应取下放置在一边。
而CT检查时则要尽量避免不必要的辐射损害，最好的防护方法是：1、告诉医生确切的不适的部位，以免白白接受了本不需要的辐射剂量；2、采用适当的遮盖物覆盖不需曝光的敏感部分，人体内对射线比较敏感的部位主要有甲状腺、性腺等。
尤其是小孩子在作上述检查时，应注意遮盖，当检查开始前可以提出要求；3、检查时配合医生、技师的检查要求，不要动来动去，以免造成图像严重伪影，检查又要重新再来。4、尽量避免在短时间内多次进行CT检查，如因诊断所需，应向医生说明情况，并采取必要的遮盖方法进行保护。
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