北京军区总医院附属八一儿童医院组建于2007年5月30日，是我军第一所儿童综合医院。为全军儿科研究所，全军计划生育优生优育技术中心，儿科学博士学位研究生培养及临床医学博士后科研工作站学科，中国医师协会新生儿科医师分会、中国医师协会儿童健康专业委员会、中国医学救援协会儿科救援分会以及全军计划生育优生优育专业委员会挂靠单位，民政部"明天计划"部级定点医院、国家人口和计划生育委员会"先天性病残儿诊断与研究中心"。
附院以“保障儿童生命健康、保障部队的战斗力、保障基本国策落实”为己任，以“姓军为民、立足首都、面向全国”为原则，按照“优先不对称竞争力”的策略，走“内涵建设、重点突破、创新发展”的道路，锻造“儿科铁军、八一摇篮”的品质，创建“儿科精品、八一诚信”的铭牌。组建五年，已获国家科技进步奖二等奖1项、军队医疗成果奖一等奖2项、二等奖7项，荣立集体二等功2次、集体三等功1次。2012年荣获军队科技创新群体奖。
附院聘请国内著名专家丁宗一教授为名誉院长，中国工程院院士胡亚美、张金哲教授为终身技术顾问。富集了一批军内外知名的学科带头人和骨干，配备了一支以正高技术职称的博士生导师为带头人、以具有博士学位和留学经历的青年人才为骨干的精英学术团队。他们弘扬我军全心全意为人民服务的优良传统，秉承“不抛弃、不放弃”的士兵精神，奉行“勤奋、慎重、谦虚、和藹”的院训，倡导“求实、务实、落实”的作风，形成了“严于操守、创一流服务，忠于职守、保一流质量”的成熟医院文化氛围，涌现了南丁格尔奖荣获者陈海花总护士长为代表的优秀医护人员群体，推动着医院的可持续发展。
附院瞄准“重症特色现代化儿童医院”的技术目标，形成了“一发(动机)四轴八驱十六轮”的强劲业务能动架构。在建设基础儿科(含儿童门急诊、发育生物学实验室)的前提下，重点建设儿童重病、儿童发育、细胞治疗和临床遗传学四个医疗技术领域中八个重点专业方向的16个临床科室，包括：新生儿方向(含极早产、早产、足月、晚足月NICU)，儿童重症方向(含内科PICU、外科PICU)，儿童外科方向(含儿童基础外科、外科NICU、儿童泌尿外科)，儿童心脏方向(儿童心脏科)、儿童内科方向(含儿童肾病和免疫科、儿童内科)、儿童发育方向(含神经和发育科)，儿童血液和肿瘤方向(儿童血液和肿瘤科)、遗传方向(遗传科、发育生物学实验室)。目前，附院展开床位600余张，规模位列北京市儿童综合医院三强。
附院为重点领域装备了精良的现代化医疗和实验室技术平台，承担各层次学历教育、医师规范化培训的教学任务，以及国家、军队和北京市各类基金项目等科研任务。在全面筑牢儿童医疗护理基本技术的基础上，以科技创新的力量构建和完善学科的诊疗技术体系。早产儿救治及其后遗症防治技术、新生儿母源性疾病的救治技术、新生儿和儿童连续血液净化和体外膜氧合技术为龙头的生命支持技术、新生儿和儿童重症转运组织和技术、PICU中儿童气道开放技术、儿童胃肠和泌尿系腔镜诊疗技术、低龄低体重先天性心脏病矫型技术、儿童难治性肾脏疾病诊治技术、儿童智能障碍期前干预技术、儿童造血干细胞移植技术、遗传性疾病实验室诊断技术等开创性的工作，为推动国内儿童医学的进步作出了一定的贡献。