菏泽传染病医院(菏泽市肿瘤结核病防治院)始建于1953年，2003年7月菏泽市委、市政府为加强我市传染病救治工作，有效抗击烈性传染病，切实保障人民的身体健康，决定在原结核病医院的基础上组建成立菏泽市传染病医院，编制161人，高级技术人员21人、中级技术人员72人。2004年4月，油才坤任院长和党总支书记、赵玉贞、黄明亮、张玉福任副院长，不辜负市委、市政府的重托和人民的厚望，带领全院职工只争朝夕、开拓进取、艰苦创业，经过四年的努力，创建了一流的市传染病医院。
硬件建设，2006年6月，国家投资1000万元兴建的6200平方米病房大楼投入使用，设立病床200张；病床配置为单摇和双摇可移动式病床；其中四、五层为负压病房。病房设有独立卫生间，安装有空调、电视机、淋浴热水器和网线等，配有中心供氧、负压吸痰及呼叫系统；病房楼设有三部电梯，供医务人员、病员及污物外运分别使用。
相继购置了西门子双排CT 等大型设备、移动X机、全自动生化分析仪、血气分析仪、电子胃镜、电子纤支镜、进口心、腹、脑彩超、12台进口呼吸机、35台心电监护仪、优质钴-60放射源等一批现代化的医疗设备，填补医院空白。
医院业务不断拓展，在巩固结核病治疗优势专业的基础上，2006年，成立肝病治疗中心，还设有结核科、神经内科、外科、急诊科、肿瘤科、性艾科等25临床和医技科室；性病、艾滋病、外科及综合内科业务开展良好。医务人员中有3/4先后派往北京、济南等上级医院轮番进修，为医院的发展带来新知识、新技术、新的管理理念，为传染病救治提供了有力的医疗技术保障，从而结束了无力派员进修的历史。
2004年11月27日，菏泽市防痨协会在本院成立，并与省胸科医院建立友好协作关系，同时，省胸科医院无偿赠送价值180万元的DR机。
2005年11月28日：医院污水通公路并网管理工程完工，解决了该院50多年来悬而未决的难题。
2006年12月1日：医院门诊楼改造工程完工并投入使用，历时三个月的紧张施工，投资110万元，增加实用面积500平方米，扩展、优化了门诊大厅。
2006年12月，以油才坤院长为核心领导集体，克服困难，拔掉医院门口的“钉子户”，从此，把医院推向城市公路旁的显要位置，投资32万元，新建大门，成为北城靓丽的景点。
2006年，与北京佑安医院、北京航天医院建立友好合作关系，并加入由全国54家医疗单位参加的北京佑安医疗联盟，
2007年1月，新建档案室，引进全市一流的存档设备――密集架、安装了空调、裁纸机，配置了微机、复印机、扫描仪等。
2008年1月12日，医院病房大楼荣获山东省建设厅、山东省建筑工程管理局、山东省建筑业协会颁发“泰山杯奖（省优质工程）”。
2009年3月始，我市手足口病疫情爆发，且重症较多，病情加重进展迅速，医院临危受命，成为定点医院，担当全市重症患儿救治任务，市委、市政府、市卫生局集结的救治团队，在院领导带领下，在省级医院的专家指导协助下，不负党和人民的重托，舍小家顾大家，置父母、孩子、甚至本人患病于不顾，不怕疲劳，无私奉献，连续80多天日夜奋战在救治一线，做到服务好、质量好、让病人满意，截稿时2000名患儿治愈出院，无一例差错、纠纷发生。医院以高尚的医德医风、精湛的医术、优质的服务、规范的管理、一流的病房大楼、优美的住院环境，充分展示了一流传染病医院的风采，树立了卫生系统的良好形象，传递了党和政府对人民群众深切的关怀和温暖，经受了严峻的疫情考验，圆满完成党和政府赋予医院的职能，赢得各级领导、患儿家长和社会各界的高度赞扬，2009年4月19日，陈竺部长来医院视察，对副省长王随莲、卫生厅长包文辉说：这个医院在省里都是很好的，在全国也是很好的，是全国的模范病房。
建院50多年，通过几代人的不懈努力和文化积淀，打造了传染病医院全新的品牌，医院文化建设、硬件建设、内涵建设硕果累累。为菏泽经济社会的和谐发展做出积极贡献。
几十年来医院先后荣获的主要荣誉：全国结核病防治先进单位和个人、山东省诚信医疗卫生单位、山东省卫生系统工会工作先进集体、全市计划生育工作先进单位、全市三八红旗集体、全市卫生工作先进集体、全市医保工作先进单位、全国百姓放心传染病专科示范医院、全市思想政治工作先进单位、全市职业道德先进集体等多项荣誉称号。
