珀尔修斯的指令结局是怎么样？
整个故事的起源于25年前（游戏好像没有交代具体年代，是我自己推断的）， 故事里面的博士Halan Wade(就是后期才出现的那个带眼睛的老博士)有两个女儿， 一个是Alice Wade（中期出现的那个女的NPC）, 另一个就是故事中的“贞子”，穿红衣服的小女孩，叫Alma Wade。
（没错，她是博士的女儿，我开始也不相信，但反复研究后确认是，当然，我个人推断是博士的养女成分大些，并非亲生女。很多变态科学家喜欢干这个来拉拢感情）
不知道出于什么原因，我们的恐怖小天使Alma在8岁的时候被发现具有一种叫Telepathy的超能力，也就是说可以瞬间移动任何物体，包括生物体到另外一个空间（在
X- MEN里面那个长尾巴的人同样的能力）。
于是ATC（故事里面的科研机构）开始拿Alma做实验，投资了数十亿美元企图获得这其中的秘密并运用到研究新武器中。 Halan Wade虽然作为Alma的父亲，竟然丧失人性的加入这项研究计划把自己的女儿关押起来做实验品。
于是，从8岁到15岁的整整7年，Alma的被关押在暗无天日的地方，（ATC已经掌握了隔断她超传输能力的方法，把她关在一个VAULT（巨大的容器）里面）无休止的进行各种实验。 最为可怕的是，到了Alma十五岁的时候，ATC为了能够成功复制Alma的超能力，强行让Alma受精怀孕！（精子来自美军中的精英战士） 在产后的第六天，由于多年来遭受的精神折磨和产后的虚弱，Alma失去了活下去的意志，离开人间！
25年后，于是，在故事一开始，ATC关押Alma尸体的巨大容器不知道为何发生泄漏事件，Alma虽然已经死亡了二十年，但强大的超能力使得她的意志超出了物质得以存在（估计ATC也知道这一点，否则不会舍不得把她尸体火化了），Alma用她的意志展开了复仇和获得自由的计划！在于是游戏中正式内容开始的时候，首先出现的那个吃人的家伙，叫Paxton Fettel, 则是游戏中三个具有超能力的另外一个人（具体是何方神圣后面交代）被 Alma 用她的超能力从关押中解放出来（大家已经见识过Alma用精神力量使人爆炸的能力了，对付关押Paxton的几个守卫当然不是问题），为打开关押Alma 尸体的容器而服务。
（个人估计由于容器还没有完全打开，Alma的能力受限，还不能为所欲为，否则自己开门出来得了）Paxton用他的超能力控制了整个克隆军团，开始展开潜入ATC高级基地的任务（Paxton的超能力和Alma不一样，除了能够控制士兵以外，还可以通过吃别人的大脑获得死人的记忆！（这就解释了Paxton为什么在游戏中总吃人了，靠!其实他也觉得很恶心的啊！他只想获得开各种门的密码或者其他讯息而已！）
然后，我们的主角终于登场了，一个没有执行过任何任务的新兵，竟然被派遣参加这么艰难的任务！然后大家都很英勇的一路杀到底了。
当主角杀到最后的时候，所有的谜语才终于完全解开，原来，主角本人就是25年前Alma产下的那个男婴！！！！也就是说，主角在出生后，其实也是一个实验品，在接受了各种特殊训练后成为F。
E。A。R中的成员，唯一的目的就是培养他成为超级战士！这次行动也就是对他的最后一次实验而已！整个事件是ATC一手策划的！
这下大家就明白了为何主角在游戏中能够有慢动作的超级反应能力，而且能够和他的母亲，也就是那个小女孩Alma产生心灵感应。
而且Alma每次出现也只是调戏他一下，也没有杀他。（也可能是因为主角由于也具有强大的超精神力量，还没有完全解脱的Alma 的力量还不足够杀他，当然，最后Alma还是想杀他了，至于是不想自己的儿子有和自己一样的悲惨命运还是杀红了眼，就只有编剧知道了）好了，这时候应该交代那个Paxton了，这哥们其实就是主角的一个复制品，所以严格的说是主角的亲兄弟。
不过不知道为什么被认为是失败的实验品，也被关了。
到了大结局的时候了，Alma的亲生父亲Harlan Wade原来是导致泄漏的关键人员，因为他终于醒悟到自己多年来犯下的罪行，试图释放出Alma的尸体，让Alma的灵魂得以解脱(不过还是罪无可赦啊，乖不得Alma等利用完他以后，想都不想就爆了他！)。
游戏中的那个种捣乱的胖子，叫Mapes的那个，其实也不是捣乱而已，他发现了释放Alma灵魂的后果，（Alma的灵魂已经被复仇扭曲了，已经变成杀人魔王），于是想去阻止Harlan博士，结果被博士在容器前毙了。
故事最终的结果大家都看了，不过我到最后还有点怀疑Alma到底有没有死，因为她到游戏后期出现的形象是40岁左右的形象，而且最后核爆炸，竟然被她用瞬间移动转到直升机上（虽然也可以解释是她的灵魂而已，不过灵魂能力也这么强，肉体不要也罢）酷啊！。
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