上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，前身是由我国著名儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院，1953年更名为上海市儿童医院，是我国第一家专科儿童医院。2003年成为上海交通大学附属儿童医院。
医院现有员工1500余人，2017年度门诊量247.5万人次，年住院病人4.4万人次，住院手术量2.7万人次。2014年3月投入运营的泸定路院区位于普陀区长风生态商务区，院区占地面积约2.6公顷，核定床位550张。北京西路院区占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位150张。2013年4月28日梅川路门诊部启用运营，2014年3月始为儿童康复中心，也可为患儿提供包括听力、视力、智力、肢体、精神等发育障碍的康复训练和治疗。
医院学科齐全，设有重症医学科、新生儿科、肾脏科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、内分泌科、普外科、心胸外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、眼科、中医科、口腔科、康复科、医学遗传科等23个临床专科。医院拥有中国工程院院士1名、博士生导师8名、硕士生导师49名，拥有高级职称专家百余名。是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市新生儿筛查中心、上海市儿童康复中心、上海市听力障碍诊治中心、上海市新生儿先心筛查诊治中心所在地。我院上海医学遗传研究所，为卫生部命名的上海医学遗传中心基因诊断部，研究发展了一整套遗传病分子诊断技术。在我国最早开展了苯丙酮尿症、血友病、DMD等罕见遗传病的基因诊断和产前诊断工作。作为国家首批运用高通量测序技术开展遗传病诊断的试点单位之一，上海市儿童医院在儿童遗传病的基因检测领域居国内领先地位。
医院作为上海交通大学医学院的临床教学基地，设有博士、硕士专业点及博士后流动站。与美国、加拿大、俄罗斯、日本、新加坡、韩国、英国等国的医疗机构建立了紧密的合作关系。近年来医院承担了国家"863"、"973"重点攻关项目、国家重大专项课题项目、国家自然科学基金项目、教育部及上海市科委基金项目、上海市卫生局及申康医院发展中心科研项目以及国际合作科研项目等的研究工作。以著名科学家曾溢滔院士领衔的上海医学遗传研究所始终瞄准本学科的国际前沿，近50次荣获国家、部委和上海市的重大成果奖励。