昌平县医院的前身“昌平县大众医药社”于1946年在长陵乡上口村成立，1948年12月12日随县政府迁至昌平县城。1949年3月“昌平县大众医药社”改称为“昌平县卫生院”。1956年“昌平县卫生院”改称为“昌平区卫生院”，同年秋后迁至昌平镇和平街4号（现在院址）。1957年12月27日“昌平县卫生院”升为“昌平区医院”，1960年1月，“昌平区医院”改称为“昌平县医院”。
昌平县医院隶属于昌平县卫生局，是一所全县历史最长，规模最大的综合医院，是全县医疗、急救、科研、教学、预防的中心。主要负责全县区域内40余万人的医疗急救工作；担负着北京高等专科学校和昌平卫生学校教学实习任务；承担全县乡镇卫生院的业务指导和技术培训工作；承担大型活动的保健工作，如亚运会自行车赛场保健工作；承担每年的高考体检工作；完成上级业务主管部门下达的工作任务，承办县委县政府交办的各项工作，如1997年度全县征兵体检首次全部由昌平县医院独家承担，医院克服重重困难，腾出房屋16间，抽调有关科室的技术骨干，严格执行体检标准，全力以赴做好体检工作，保质保量地圆满完成了征兵体检任务，接受了中央军委领导的检查，得到了领导的肯定和好评。这在全市范围内独家医院承担这样大型的体检任务尚属首例。
昌平县医院是一所二级甲等综合医院，现有职工793人，床位447张。医院科室齐全，设有内科，外科，妇产科、儿科、肿瘤科、中医、针灸、按摩、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤性病科、功能检查科、药剂科、制剂科、麻醉科、病理科、理疗科、防保科、激光治疗室、手术室等30个科室。设有内科病房、外科病房、妇产科病房、儿科病房、肿瘤科病房、中西医结合病房、五官科病房以及外宾、干部病房等13个病区和1个科研机构-临床药学研究室。专业专科建设齐全，外科设有普外、神外、胸外、泌尿外肛肠、小儿外、显微外科等专业。内科设有心血管、血液病、消化病、内分泌、肾病、呼吸等专业，肿瘤设有肿内，肿外专业，以及妇科、产科和新生儿等专业专科。
行政后勤科室配套齐全，设有党办、工会共青团、院办、管理办、人事科、财务科、公费医疗办、医务科、科教科、门诊部、护理部、大病统筹办，感染办、保卫科、总务科、基建科、器械科、固定资产办等科室。
MRI、螺旋CT、数字胃肠机、C型臂、全自动生化分析仪等
昌平县医院隶属于昌平县卫生局是一所全县历史最长规模最大的综合医院是全县医疗急救科研教学预防的中心