全封闭式工厂化循环水养殖工艺流程是

    好氧污泥和生物膜处理：
在多功能池的底部是好氧型活性污泥，中部是好氧型的生物膜，上部是有机胶质的气浮分离系统。活性污泥和生物膜中的亚硝化细菌和硝化细菌、好氧性的异养细菌和真菌、无色硫细菌、有色硫细菌等，将水体中的C、N、P、S等元素组成的污染物进行第二步降解；此过程的暴气增氧还可以达到气、液、固的三相分离，气相中的有害成分(如氨氮、硫化氢等)在此过程中排出水体，固相中的沉积有害杂质(如沉积性盐类、重金属等)也排出水体。
    
调整盐度、pH值、温度，紫外线消毒：
循环利用的海水的盐度会升高，利用添加淡水调整盐度到合适值；同时pH值有时也会波动要采取合适的措施调整；养殖不同的动物对水温的要求是不同的，所以还要对水温进行季节性的调整；最后利用紫外线消毒，目的是将养殖动物敏感的致病菌和条件致病菌杀灭。
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  终沉池沉淀污泥上层出水处理：
在终沉池中，前面的代谢产物和悬浮的污泥最终沉淀下来部分排出系统，另外还要部分回流到厌氧段和好氧段重复利用。
厌氧污泥和生物膜处理：
在厌氧池的底部是活性污泥系统，上部是生物膜系统。
  活性污泥和生物膜主要是利用内部的异养型的反硝化菌、自养型的反硝化菌、脱氮硫杆菌、放线菌和真菌等，利用这些菌群的代谢活动，将水体中的C、N、P、S等元素组成的污染物进行第一步降解。[收起]

(1)机械过滤和臭氧氧化：
该过程可以首先利用机械过滤除去大颗粒污染物，然后再通入臭氧氧化有机污染物和杀灭病原菌，防止病原菌进入水处理系统。
(2)缺氧沉淀和油污的去除：
利用比重分离沉淀池上层的油污和下层的污染物，降低后续处理的负荷。使后续处理变成可溶解性污染物的去除。[收起]