复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并而成。首任院长为儿科学一级教授陈翠贞。建院初期，以西门妇孺医院分院旧址为院址，1954年枫林路183号新医院启用。2000年4月原上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学附属儿科医院。医院设施优良，人才云集，是集医教研为一体的综合性儿童专科医院，系卫生部部属“三级甲等”医院。是全国儿科学重点学科、国家"211工程"建设单位。是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。曾连续五届被评为上海市文明单位。
医院的服务宗旨：一切为了孩子。医院的使命：建树医学典范，呵护儿童健康。医院的定位：立足上海、服务全国、面向亚洲。医院的愿景目标：成为中国和亚洲重要的儿童医学中心，成为儿科医学教育向全国辐射的中心，成为中外儿科学术交流的主要桥梁。医院的院训：团结、奋进、严谨、创新。
在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，儿科医院坐落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通内科门诊服务功能，以满足周遍病人的需求。新医院占地153亩，Ⅰ期建筑面积8万多平方米，核定床位由原来的330张增至600张，现开放床位630张。现有职工 1200余人，博士生导师19名，硕士生导师32名，高级职称专家104人。
医院专业设置齐全，共有28个临床医技科室，新生儿、外科、心血管、传染病等专业先后被列为卫生部临床学科重点专业，新生儿科是上海市医学重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。
近10年来获学科建设和科研项目共计267项，其中课题92项，SCI收录论文195篇（近3年来79篇），获省部级以上奖项18项，。复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，儿科学获上海市和教育部精品课程。
医院高度重视对外学术交流和合作，努力构建儿科医学国际交流的桥梁。立足内涵质量建设，拓展交流合作机会，先后与20个国际上知名的医学机构建立了友好协作关系。
几十年来，儿科人以“团结、奋进、严谨、创新”的院训时刻勉励自己，以“勤奋创业、无私奉献”的精神不断努力着，始终贯穿“以人为本”的服务理念，以医院文化建设和精神文明建设为抓手，构建和谐稳定的医院文化，凝聚人心，营造规范有序的良好氛围，在全国享有较高的声誉。医院十分关注社会特殊群体，关爱弱势儿童，先后建立多渠道社会合作伙伴关系，吸纳社会各级人士参与慈善事业，以社会慈善活动为载体，围绕一切为了孩子的服务宗旨，开展形式多样的社会公益活动，为社会特殊群体作出医院应有的贡献。
2008年，经过前后4个月的搬迁工作，2008年7月新医院进入全面运转阶段。由于新医院给病人充分体现到人文关怀，儿童特色布置，流程布局合理，候诊空间宽敞，病人就医交通便捷等优点。因此，2008年医院在面临全面搬迁的情况下，年门急诊服务量达148万人次，住院病人1.8人次，住院手术7000余人次。一年来的运转，新医院更发挥出她独有的优势，儿科人正在继续为实现既定的目标而努力奋斗。
