伊犁州新华医院的前身是伊犁州友谊医院的传染科，1979年改建为传染病专科医院，命名为伊犁州新华医院。1985年州、地分设，新华医院划归伊犁地区，改建成地区级综合性医院，更名为伊犁地区人民医院。1995年通过国家二级甲等医院和国家爱婴医院评审。2001年原伊犁地区撤销，医院划归州直属单位，恢复原名伊犁州新华医院。
新华医院现占地面积32亩，建筑面积28600平方米，其中医疗用房和辅助设施17100平方米，生活用房11500平方米；床位310张；设置科室30个（其中临床科室13个、医技科室5个、职能科室2个）；在职职工560人（其中：医疗技术人员451人，行政后勤人员109人）；离退休职工133人；在职人员中高级职称38人，中级职称136人，初级职称299人；本科学历98人，大专学历131人，大专证书42人，中专230人，高中以下59人；少数民族职工315人，占全院职工总