长宁区疾病预防控制中心是在区卫生局领导下，市疾病预防控制中心指导下，具体实施政府对社会疾病预防控制职能的卫生事业单位。承担辖区内疾病预防控制业务指导、技术示范和技术培训。疾控中心的主要任务是结合辖区内实际情况，拟定疾病防治规划和执行疾病预防、健康促进计划，并负责指导和组织实施。开展辖区内疾病监测，采取疾病预防控制措施及加强相应的规范管理，相关疾病的流行病学调查，危险因素监测和防治效果评价；及时报告处理辖区内发生的疫情、参与公共卫生突发事件的处理；负责辖区内疾病预防工作的技术控制措施；开展健康教育、健康促进活动、预防性体检等，提供疾病预防技术服务和技术咨询。
长宁区疾病预防控制中心现有职工129人，卫生专业技术人员92人，其中正副主任医师9人、主管医师20人、医技师48人、医技士15人，其中硕士6人，本科23人。占地面积3987平方米，房屋面积2294平方米。
目前中心设有办公室、人事科、财务科、总务科四个行政科室。业务设三部一办（传染病防制部、慢性病防治部、公共卫生监测管理部、综合业务信息办公室），共有科室13个及相关疾病的门诊部和医技部门。