北京航空航天大学医院是在北京市卫生局登记注册的正式名称对内俗称校医院，是1959年2月由原来的卫生科扩建为医院的。1988年由北京市卫生局（88）京卫医字第958号文件批准为高校系统区级医院1996年由北京市卫生局核发《医疗机构执业许可证》。1999年由海淀区卫生局批准为一级甲等医院。
2000年10月由北京市劳动和社会保障局北京市卫生局批准为医疗保险改革首批定点医院（北京市政府文件公布的医疗保险改革首批定点医院中，高校校医院中只有北京大学校医院和北航校医院两家）。
2001年由北京市卫生局批准为北航社区卫生服务中心2001年在首都创建文明行业活动中被评为《规范化服务达标》医院。同年还由北京市卫生局批准为非政府办非盈利性医院。至此校医院已具备所有应该有的标牌，为今后全校师生员工及居民医疗卫生服务工作奠定了良好基础。
北京航空航天大学校医院位于大学院内西南侧占地10000平方米，主要建筑为“工”字形二层结构，前楼主要用作门诊后楼主要用作病房，医院全部建筑面积3400多平方米。设有床位60张共有固定资产原值810多万元，其中器材设备原值340多万元。流动资金120万元
现有正式在编职工65人其中有卫生系列专业技术职称的61人，占94%。具有高级职称者18人（副主任医师17人；副主任药师1人）；中级职称36人（主治医师8人；主管护师15人；主管技师4人；主管药师5人；主管麻醉师1人）；医师2人；护师6人