明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安宁”之祥意，建右安门，以护城市的安康。建国初期，彭真市长亲临右安门外，规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模与学科设置均为亚洲之首。1989年更名为北京佑安医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学第九临床医学院及首都医科大学传染病学系主任委员单位。相继建有北京市肝病研究所、北京市中西医结合传染病研究所、国家中西医结合肝病重点专科、北京市乙型肝炎与肝癌转化医学重点实验室、北京市艾滋病重点实验室、北京市重大疾病临床数据样本资源库、国家药物临床试验机构、首都医科大学肝病与肝癌临床研究所、北京市国际科技合作传染病转化医学基地。医院与美国华盛顿大学、英国牛津大学、加拿大卡尔加里大学联合共建：中美传染病及慢性相关性疾病临床研究合作中心、中英感染与传染病联合临床研究基地、中加联合肝病研究所等临床科研机构；同时承担卫生部全国传染病专科医师进修基地、国家中医药管理局传染病、艾滋病中药治疗基地。建院56年来，伴随着医学科技的飞速发展、医学模式的转变以及医疗卫生服务体系的改革，医院在急性传染病诊治、突发公共卫生事件应对及科研、教学、管理等方面都取得了极大的发展，昭示出新中国传染病防治事业的辉煌成就。近30年来，面对人口老龄化、传染性疾病慢性化以及人民群众对医疗保健需求的不断增长所带来的巨大挑战，医院就中长期发展方向与战略定位进行了重新调整和规划。今天的佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心；并搭建起国际化高新医药科技临床与转化医学高端平台。全面实施了整体化转型，即：服务范围由单纯传染病向感染、传染及急、慢性相关性疾病转化；服务对象由个体和疾病向疾病群体转化；经营运作由偏重追求经济效益向为社会和病人提供优质服务转化；服务方式由偏重诊疗向防、治、保、康一体化转化；发展模式由专科医院向以感染、传染病为重点学科的综合性医学中心转化；服务能力由单一偏科型向提高个人综合能力和医院整体实力转化。
