吉林农业大学医院成立于1984年，位于长春市净月旅游开发区新城大街2888号，吉林农业大学校园北侧，面积约3390平方米。医院于1994年被长春市卫生局确定为一级甲等医院，于2001年被省医疗保险中心确立为省医保定点医院。
吉林农业大学医院现有职工66人，其中正高职称2人，副高职称7人，中级职称30人，初级职称6人。门诊设有内、外、妇、儿、中医科、五官科、口腔科及囊虫病专科。
有检验科、电诊室、放射科、药剂科、手术室、理疗室、急诊室、人流室、供应室、预防保健科、健康教育教研室、计划免疫室、社区办等科室。有内、外、囊虫病三个独立疗区，病床100张。
承担15000名学生及18884名教工及社区人员的医疗、保健任务。保障了大学生的身心健康，解决了广大教职工的基本医疗问题。医院各辅助科室设备齐全，放射科有X线机XC510I；检验科有半自动生化分析仪CB171、全自动血液分析仪KX—21N、尿自动分析仪MA4210、酶标仪；电诊科有B超机SSC—370、心电机两台；急诊室有心电监护仪一台；理疗科有电脑中频治疗仪、超声波治疗机、红外线治疗仪、磁疗灯；外科有高频电离子手术机；五官科有照相裂隙灯、眼底镜；供应室有手控脉动真空灭菌锅XG1？PS—0.2。
囊虫病研究所成立20多年来，共收治来自全国26个省、市、区的囊虫病患者两万余人，治疗效果显著，该技术占国内外领先水平，在国内享有很高声誉，两项科研成果获省、部级科技进步奖。
健康教育教研室承担全校学生的健康教育课及预防保健工作，曾获得吉林省41所高校健康促进学校评比第二名。健康教育工作多次受到吉林省教育厅领导的认可和好评。
吉林农业大学医院在校党委、校领导正确领导及大力支持下，认真学习“三个代表”重要思想，努力提高服务质量，树立以人为本的服务理念，全心全意为广大师生员工服务。
多年来，吉林农业大学医院先后派出10余人去医大、省医院等上级医院进修神经内科、心血管内科、消化内科、口腔科、外科、理疗科、电诊科、放射线科及急诊护士、器械护士等，提高业务能力及服务水平，全体医务人员常年参加省、市医学会举办的业务学习、专题讲座，使每位医生及时了解国内外医学动态，掌握较新医疗技术。经过多年的努力，医院很好的完成了医疗、预防、保健任务，无任何医疗事故发生，得到广大师生员工的好评。