特殊的生化检查对某些肾脏病的诊断、鉴别诊断、指导治疗及判断预后有重要意义，现介绍几种检查项目。
选择性蛋白尿。肾小球疾病时，滤过膜的通透性和滤过作用都发生改变，当肾小球疾病较轻，滤过膜“漏洞”较小时，尿中以中分子量的蛋白为主，而大分子量蛋白排出很少，称为选择性蛋白尿；当肾小球病变明显，滤过膜“漏洞”较大时，尿中不仅有大量的白蛋白，而且有多量的大分子蛋白（如球蛋白），则称为非选择性蛋白尿。
选择性蛋白尿测定的结果可推测病理类型，预测治疗反应及估计预后。小儿肾病综合征中蛋白尿呈高选择性，其中约有97%患者为微小病变型肾病，在成人亦多数为微小病变或轻微病变，但也可见于膜性肾小球肾炎、局灶性肾小球肾炎、增殖性肾炎。
凡高选择性者可预测对激素及免疫抑制剂治疗反应良好；选择性高者预后较好，反之预后差。
(2)循环免疫复合物测定。血清免疫复合物增高见于很多疾病，它不是一项特异的检查方法，但提示其发病机制可能和免疫有关。
循环免疫复合物的存在与多种类型的肾病发生有关，如急性增生性肾小球肾炎、局灶性肾小球肾炎、狼疮性肾炎等患者的血清中都有存在。测定免疫复合物又可估价某些肾疾病的活动程度，如狼疮性肾炎患者循环免疫复合物含量与病变活动有关。
(3)血、尿补体测定。血清总补体（CH50)增高见于各种炎症，也作为急性阶段的反应物质。某些恶性肿瘤补体活性增高。血清CH50降低常见于急慢性肾小球肾炎、溶血性贫血和系统性红斑狼疮。
急性肾小球肾炎血C3下降，尤以链球菌感染后急性肾小球肾炎下降更为明显。膜增生性肾小球肾炎、狼疮性肾炎及肾移植排异反应，血C3均可降低。 测定尿C3含量可间接反映肾小球基底膜的通透性，膜增生性肾炎、狼疮性肾炎尿C3几乎全为阳性；膜性肾病和局灶节段性肾小球硬化阳性率也很高，而微小病变型常为阴性。
尿C3阳性患者较阴性患者病情重，预后差，含量越高病情亦越重。
纤维蛋白降解产物测定。尿纤维蛋白降解产物阳性意味着肾脏内有凝血和纤溶现象，提示炎症。 非炎性疾病大多为阴性。
原发性肾小球肾病通常为阴性，慢性肾炎多为阳性。尿纤维蛋白降解产物含量增加反映了肾功能损害程度。在慢性肾炎的治疗过程中，临床症状缓解，肾功能恢复，尿纤维蛋白降解产物含量逐渐降低或转阴；阳性者表明肾脏病变炎症过程仍在进行，病变活动，经治疗后持续阳性者预后较差。
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