山东大学齐鲁儿童医院是目前山东省少有的综合性儿童医院，承担着济南市及山东省儿童的医疗、预防、保健、康复等工作，是卫生厅指定的三级甲等住院医师规范化培训基地和全国首批专科医师培训基地，是泰山医学院、山东省医学高等专科学校等高等院校的教学医院和泰山医学院硕士学位授予点。设有内科、外科、儿童保健、康复、急救、耳鼻喉、眼科、口腔、中医、皮肤、麻醉、社区卫生等临床专业，其中小儿内科和儿童保健专业为济南市重点发展专业。内科二级专业有呼吸、消化、循环、神经、内分泌、血液、泌尿、新生儿等；外科二级专业有心外、普外、胸外、泌尿外、骨外、神经外、肿瘤外科等。在职职工496人，卫生专业人员378名，其中高级职称105人，教授、副教授26名，硕士生导师14名。设床位221张，实际开放360张，年门诊量40万人次，年收治住院病人1.6万人次。服务对象0～18岁儿童。
近年来，山东大学齐鲁儿童医院强化专业发展，建立了以“四大专业体系、五大医疗中心、两所、一基地、一网络”为主体的完善的学科体系。⑴四大专业体系：内科、外科、急救、康复；⑵五大中心：山东省残疾儿童康复技术指导中心（下设四个分中心：脑瘫康复中心、聋儿语言康复中心、孤独症康复中心、智力残疾康复中心）、山东济南儿童哮喘病防治研究中心、济南市儿童心脏病治疗中心、济南市儿童医学实验诊断中心、济南市危重新生儿及婴幼儿转运中心；⑶两所：儿童保健所和儿科医学研究所；⑷一个基地：儿科医师培训基地和儿科研究基地；⑸一个网络：济南市病原微生物实验室网络。专业技术水平不断提高。
小儿内科的新生儿、呼吸、神经专业为医院重点特色专业。危重新生儿、婴幼儿转运系统辐射20多个地市，抢救成功率97％。呼吸专业电子支气管镜业务不断扩展，诊断、治疗技术水平不断提升，达到省内领先。
心脏外科是医院新兴重点发展专业，手术矫治成功年龄最小为16天、体重最轻为3.5公斤的新生儿。曾成功治愈的28天、3.7公斤“完全性肺静脉异位引流”患儿，属全国首例。
脑瘫康复中心聘任香港复康会加拿大籍贝维斯医生为该中心顾问，在手术矫治的基础上，开展的综合康复训练的方法对脑瘫患儿的治疗，基本与国际接轨，达到了国内一流水平，山东第一。中心创下了康复手段最多、康复效果挺好、康复环境最优的记录，病人来自20多个省市自治区。
儿童保健所是全市儿童保健工作的业务指导中心，负责全市儿童的健康保健工作，对儿童营养、体格发育、心理发育、智力开发进行监测和防治研究。设有心理卫生、营养、健康体检、遗传内分泌、早期发展指导、社会保健等二级专科，其业务水平达到全国知名、省内领先。
山东大学齐鲁儿童医院坚持“科技兴院”的方针，近5年共完成科研课题72项，有58项达到国际先进水平，获国家专利14项。承担联合国CDC科研项目2项，国家卫生部临床科研项目2项，省部级科研课题7项，获省科委、教委二等奖8项，连续10年被评为省、市卫生系统科技工作先进单位。医院近年来先后荣获“全国卫生文明建设先进集体”、“山东省儿童少年工作先进集体”、“山东省妇幼卫生工作先进集体”、“山东省文明单位”、“济南市文明单位”等多项荣誉称号。