四川省中医药研究院中医研究所是集科研、医疗为一体的省级中医科研机构。该所前身为四川省中医研究所，建于1979年，1996年更名为“四川省中医药研究院中医研究所”，并增挂“四川省中医药研究院中医医院”的牌子。
四川省中医药研究院中医研究所现有职工230名，其中专业技术人员185人，具有高级职称者52名，四川省名中医2名，四川省个性中青年专家1名。 享受政府特殊津贴的专家9名。
自建所以来，先后承担了、省级、厅局级科研课题35项，协作课题20多项，对外技术服务185项，获省级以上科技成果奖30余项，历年来有健儿散治疗小儿厌食症、靛玉红治疗白血病及电镜扫描加x线能谱对川产10味道地药材形态学和无机成份的研究等成果获卫生部、国家科委奖。
玉参降糖胶囊治疗糖尿病、化痔注射液治疗内外痔及乳块灵治疗乳腺病等成果获省科技进步奖；还有深受病员欢迎的应用型成果消溶胆石片、祛痔丸、外伤灵、多叶咽宁、强力补血散、口炎康口服液等应用于临床。该所的骨伤骨病研究室系省中医管理局重点研究机构。
四川省中医药研究院中医研究所坚持科研为医疗服务，为人民健康服务的原则，努力发掘祖国医学宝库，继承发扬名老中医的诊疗经验，用观代科学手段开展临床医学研究，特别注意发挥中医药的独特优势，对危害人民健康较大的心脑血管疾病、呼吸系统疾病、血液病、糖尿病、肝胆疾病、骨伤骨病、肛肠、乳腺及皮肤病等进行研究。
四川省中医药研究院中医研究所（院）开设有门诊部和住院部。门诊部设有内、外、妇、儿、骨伤、肛肠、眼科、口腔、五官科、急诊室、放射科、物理诊。断室等17个诊疗医技科室；住院部开设有内科、骨伤科、眼科、肛肠科、西医外科，有病床100张。
充分利用技术人才优势，加强专科专病建设，先后建成了骨伤科、肛肠科、乳腺外科、中医美容、消化、呼吸、咳喘、血液、心脑血管疾病、肾病、肝病等专科专病诊室，各专科均研制有疗效肯定的专科用药。
四川省中医药研究院中医研究所药剂科技力量雄厚，有较完善和先进的中药制剂生产设备，能以多种剂型生产近百种科研及医院制剂，质量高、疗效好，深受病员欢迎。
改革开放以来，特别是近几年，在新一届领导班子领导下，高举邓小平理论伟大族帜，坚持改革开放，加强科学管理，从严治所，狠抓医德医风及制度化建设，通过开展基础管理、经济管理、质量管理、“创建等级医院、文明单位，实行院长负责制、目标管理责任制等一系列活动，使全所面貌发生巨大的变化，迈上了新的台阶。所领导班子连续两年被省卫生厅评为“四好”领导班子。