哈尔滨工程大学医院创建于1953年。它随着哈尔滨军事工程学院的诞生应运而生，是一所融医疗、急救、预防、保健等功能为一体的综合性医院。50多年来，经过几代医疗卫生人员的不懈努力，现已发展成为学校师生员工及校区周边地区急诊急救、医疗服务、预防、保健中心。
哈尔滨工程大学医院以“患者至上，亲情服务”为院训，把“以病人为中心，以质量为核心”做为医院工作的总轴心。在工作中以人为本，尊重、关心、帮助每一位病人，把病人的“满意度”做为医院工作永恒的追求。在医疗服务中切实提高服务质量，确保安全，多次成功抢救急性脑出血、脑梗死、心肌梗死、急性重症胰腺炎等危重病例，赢得了患者及周边群众的广泛好评。
2001年学校对医院进行了整体搬迁和扩建，改建后的医院环境优美，布局合理，功能齐全。现医院坐落于校区内军工操场的西南角，左邻学校招待所、右邻学校体育馆，占地面积3000多平方米，医疗用房面积5000多平方米。拥有一支较强的医疗技术骨干队伍，在67名职工中，正、副主任医师16人，中级医技人员18人。设15个科室，内、外二个病区，开放床位58张。
学校对改建后的医院投入了大量的资金，用于购买先进的医疗诊断设备和仪器。现有美国GE螺旋全身CT、美国GE公司LOGIQ5彩色超声诊断仪、美国贝克曼全自动生化分析仪、菲利浦24小时心电监护仪、多功能床边监护仪、纤维胃镜、遥控X光机 、X线骨密度测量仪和鼻内窥镜等大型先进设备。
随着校医院人员素质、整体水平和医疗硬件设施的不断完善，2004年9月3 日校医院与哈医大第一临床医学院正式结为协作医院。从而使校医院充分利用哈医大一院在学科、人才、技术、设备资源方面的优势，更好地为学校教职员工提供优质的医疗服务。同时，使校医院在医疗技术、人才培养、继续教育、临床医学研究和医院管理水平等诸多方面取得长足发展。为危重病人的抢救、疑难病的诊治提供了强有力的保障。2005年，为提高医院质量管理水平，使医院质量管理与国际标准接轨，提供高质量的医疗服务，医院在全省高校医院中第一个参加了ISO9001认证，并顺利通过！
几十年来，哈尔滨工程大学医院坚持以病人为中心，不断强化服务意识，深化改革，求真务实，开拓进取，医院各项工作有了长足发展。曾先后获得省文明医院等项光荣称号，在2003年抗击非典的战斗中，医院被黑龙江省委、省政府授予"防治非典型肺炎工作先进集体。