深圳市眼科医院创建于1985年9月，是深圳市卫生局直属医疗单位，是深圳市社会保险局指定的定点医院，为中国深圳狮子会眼库、深圳市眼病防治研究所，深圳市“眼外伤”重点专科、深圳市交通意外眼损伤法医鉴定门诊所在地，2002年6月成为暨南大学医学院附属教学医院(暨南大学医学院深圳眼科中心)，是暨大眼科硕士及博士研究生培养基地。
医院整洁、舒适、温馨、静雅。医院开设住院床位88张，设眼外伤中心、葡萄膜眼底病中心、玻璃体视网膜病区、青光眼防治中心、白内障超声乳化中心、角膜移植中心、小儿斜弱视中心、准分子激光近视矫治中心、中医眼科、验光配镜中心等十个专业组，并成立了防盲治盲办公室。年住院病人4000余人次，手术8000余台，门诊量近15万人次。技术骨干来自于美国、日本等国家留学回国专家及国内著名医学高校的眼科学者。拥有眼科博士12名，硕士15名，副主任医师以上医生22名。形成一支技术力量雄厚，发展潜力巨大的眼科专科队伍，是集医疗、教学、科研为一体的现代化眼病防治专科医院，承担着深圳市和周边地区眼科疾病的医疗和预防保健工作，同时也为远道而来的眼疾病患者带来了光明和喜悦。
现任院长黄丽娜是我国著名眼科专家和学者之一、副博士研究生导师、享受国务院特殊津贴专家。曾赴香港中文大学威尔斯亲王医院眼科和美国UTAH大学眼科中心及波士顿TUFT大学眼科中心留学深造。具有极为丰富的临床经验和学术造诣，在国家级等眼科专业核心刊物发表论文二十余篇，主编《光学相干断层扫描成像术的临床应用》一书及参与编写专著二部，主持和参与包括美国国家卫生院(NIH)及省市科学技术研究基金资助课题7项;曾获国家教委科技进步奖二等奖、美国国际人体科学奖等多项奖。经常赴欧美参加国际大型眼科学术交流、演讲。
深圳市眼科医院正处于蓬勃发展中，正以崭新的姿态融入医疗卫生事业改革的潮流，逐步健全医院内部建设，加强国内外交流与合作，不断提高管理水平和医疗技术水平，为成为与国际大都市相匹配、具有国际先进水平的完善设施、现代管理、一流技术、优良服务的专业化医疗、教学、科研中心而进一步努力。
医院拥有与世界眼科水平同步的一流眼科检查和治疗设备。包括眼前段眼内结构超声生物显微镜(UBM)、新型高分辨率眼A/B超声仪、精确度达10µm的视网膜光学相干断层扫描仪(OCT)、视觉电生理仪[包括最新型的多焦视网膜电流图(M-ERG)检查仪和多焦视觉诱发电位(m-VEP)检测仪]、静态视野计、高分辨率数码眼底照相及视网膜脉络膜造影机，视乳头立体照相及图像分析仪(HRT)、2台最新型白内障超声乳化仪、8台高档眼科手术显微镜(其中2台为世界最先进机型)、2台进口玻璃体切割机、眼内外激光机等目前世界最先进的眼科现代化医疗设备。
医院近年来共获得省市级科研项目20余项，拥有副博士导师1名，硕士导师5名，发表在国内外专业学术刊物的论文总数达200余篇，获国家教委、省部级、市级科研成果奖7项。