上海市传染病医院是市卫生局的一所直属的市级专科医院，也是上海铁道大学的教学医院，卫生部全国传染病医师培训基地和第二医大学、上海中医药大学、苏州医学院等院校传染病学的教学基地。
1995年上海市传染病医院被评为三级甲等医院。医院创建于1914年，擅长各种肝炎、重症肝炎、小儿肝炎和妊娠肝炎的治疗和抢救，对流行性乙型脑炎，流行性脑膜炎等中枢神经系统感染性疾病，流行性出血热和各种肠道传染病的治疗抢救，达国内先进水平，吸引了各地病员及16个国家与地区的侨胞、海外华人和外国病员来院就治。
自“六·五”以来，上海市传染病医院承担多项国家和市级慢性肝炎和重症肝炎科研课题，并获23项科技成果奖；我院研制生产的甲型和乙型肝炎试剂，经卫生部连续5年考评，其质量达到或接近国际先进水平，供应全国29个省市千余家医疗单位使用；临床研究室鸭乙肝动物实验基地已为全国30多家药厂和研究所筛选出一批有效的抗乙肝病毒药物，如猪苓多糖、膦甲酸纳、苦参碱和、苦参素注射液。