慢性结肠炎病因导致慢性结肠炎的因素有很多，归纳起来主要有两种，一是指肠道感染了细菌、霉菌等病毒，使肠道长期处于炎症状态，二是指由于人的身体过度疲劳、长期处于营养不良状态，以及情绪容易激动等，这些因素都可以诱发慢性结肠炎的发生。
中医认为慢性结肠炎是虚寒性下利的一种表现，它与脾胃、肝、肾功能的失调有着密切关系。
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