北京市慧慈医院成立于2004年，其前身为平谷区粮食局职工医院，是以骨科为重点学科、男性科、妇科为特色专科的综合性医院。医院建筑面积6000余平方米，现有床位100余张，下设临床科室16个。全院职工70余人，其中副主任医师以上职称11人。是北京市医疗保险定点医院。
北京市慧慈医院与北京积水潭医院密切合作，常年聘请积水潭医院骨科专家来院工作，在各种骨科疾病治疗方面，具有很强的医疗技术力量和高科技的医疗设备，被誉为京东的积水潭。
北京市慧慈医院现有开设科室：男性专科、前列腺专科、妇产科、肝病专科、耳鼻喉科、胃肠专科、心脑血管专科、神经失眠科、肛肠腑臭专科、无痛人流、乳腺专科、无痛引产、小儿包皮包茎科、结石专科、皮肤专科、颈肩腰腿疼痛专科等科室，能开展多科常见病、多发病、疑难杂症的诊治以及危急重症的抢救治疗。其中妇产科能开展平产接生、剖腹产、子宫肌瘤切除术及卵巢囊肿摘除术等大中型手术；普外科能开展阑尾摘除术、疝气修补术、胆囊切除术、胃部分切除术、胆囊摘除术、肝叶部分切除术，骨外科已开展四肢长骨骨折内外固定术、椎间盘手术。
北京市慧慈医院齐全的科室，完善的设备，合理的人才梯队，组成了北京市慧慈医院强大的医疗服务阵容，为平谷区的人民身体健康，为平谷区文化、经济的繁荣、提供了坚实的医疗卫生保障。