福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。1973年隶属福建医科大学成为附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位，是福建省南部区域医疗中心领衔医院、福建省呼吸医学中心建设依托医院。
医院设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，东海院区占地322.6亩；医院编制床位2000张，年门急诊量150万人次，住院量近8万人次，现有员工2600多人，其中高级职务人员328人，博、硕士545人。在国际学会任理事、委员等学术任职2人，国家级学（协）会委员以上学术任职90人次、省级学（协）会副主任委员以上学术任职43人次。
医院历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近年来，医院在各方面取得长足发展，学科发展水平整体处于省内先进；介入呼吸病学、低视力康复、产前超声医学等亚专科跃入国内先进；呼吸与危重症医学科、免疫风湿科、超声医学科、眼科、皮肤医学美容、生殖医学等多个专科或亚专科处于省内领先水平。免疫学和变态反应专业、皮肤病专业、超声诊断专业等专科被列入省级临床重点专科，呼吸与危重症医学科入选全国首批专科医师规范化培训基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地，获全国首批PCCM科规范化建设三级医院优秀单位。
医院获颁人力资源和社会保障部博士后科研工作站，是国家药物临床试验机构，与美国Salus大学合作成立国际联合低视力康复教育中心，与长庚科技大学联合建立呼吸治疗培训基地，是福建医学会变态反应学分会、福建超声医学工程学会、海峡两岸医药卫生交流协会海西介入呼吸病学专业委员会、中国残疾人康复协会康复工程与辅助技术专业委员会视障辅助技术专业学组、中国辅助技术研究所视障辅助技术研究中心、福建省低视力康复指导组、福建省视障康复技术指导中心、福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心挂靠单位；获国家级皮肤医疗美容示范基地、国家心血管疾病诊疗质量监测基地、国家心肺预防与康复协作网示范中心、中国心衰中心认证单位、全国临床药师培训基地、国家卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、中国卒中学会综合卒中中心、国家卫计委脑防委高级卒中中心、中国胸痛中心认证成员单位、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心、国家标准化代谢性疾病管理中心（MMC）、中国糖网筛防中心、骨质疏松症防治合作基地、全国首批痛风规范诊治服务中心达标单位、全国出生缺陷防治人才培训项目培训协同单位、国家药品不良反应中心哨点医院、中华医学会骨密度测量质量控制合格认证单位等，人类生殖辅助技术IVF通过国家资质评审，是中国妇幼保健协会“母婴友好医院”、福建省产前诊断中心、福建省危重症孕产妇转诊救治网络医院、泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心。
医院作为福建医科大学第二临床医学院、国家级住院医师规范化培训基地和省级医学继续教育基地之一，设有15个专业国家级住培基地、1个国家级专培基地、25个医学教研室。医院倡导“创新、求实、严谨、规范”实验室室训，依托睡眠医学省高校重点实验室、视障辅助技术福建省高校工程研究中心、自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室、肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心等11个研究室和中心实验室，大力开展医学科学研究。
医院高度重视与国内外的学术交流，与美国纽约大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学、荷兰自由大学、台湾长庚科技大学、英国皇家国立骨科医院、美国加州大学、新西兰奥塔哥大学、美国希望之城医院、美国纽约西奈山呼研所等机构及学者建立了合作关系，聘任数十名国内外专家作为医院客座教授、特聘教授、高级专家。
医院被评为全国医院文化建设先进单位、福建省文明单位、福建省平安医院等荣誉。