深圳市儿童医院位于市中心区，1998年初正式开院，是一家集医疗、保健、科研、教学为一体的现代化综合性儿童医院和儿科急救中心，为深圳及周边十几个地区儿童提供医疗保健服务。医院总建筑面积近17万平方米，开放床位1000张。现设有10个儿内科病区、8个儿外科病区及重症医学、五官科、中医、特需等病区，专业设置齐全，涵盖了大型综合儿童医院全部业务科室。目前年门、急诊量187.78万人次，年住院量5.7万人次，年手术量2.1万例。医院拥有价值逾4.2亿的先进诊疗设备，包括3.0T磁共振、64排螺旋CT、DSA、24小时动态脑电图、128H和64H数字化视频脑电图仪、血滤/血透器、气质联用仪、串联质谱仪、流式细胞仪等，配有先进的层流无菌现代化手术室17间及早产儿无菌层流室。
深圳市儿童医院是重庆医科大学、汕头大学医学院、中国医科大学、遵义医学院、广州中医药大学等院校非直属附属医院或教学基地。现有职工1599人，高级职称专业人才276人。其中，博士生导师3人，硕士生导师31人，享受国务院特殊津贴者1人，深圳市政府津贴者2人，归国高级人才10名;博士后3人，医学博士55，硕士328人。医院设有儿科研究室，每年承担多项国家、省、市科研课题。近年共获得各级科研立项380余项，科研经费5200多万元，包括国家科技部“863”项目、国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年项目，省自然科学基金、人事部科研基金、卫生部行业重大项目合作者、省教育厅等项目，近3年发表SCI论文近50篇。医院重视学科建设，经过十几年的拼搏和积累，人才队伍建设已经达到较高水平。儿科被评为广东省重点专科，小儿呼吸专业为广东省“十二五”医学重点学科，小儿风湿与免疫专科为广东省临床特色专科;深圳儿童重症疾病分子诊断重点实验室被评为深圳市科技创新委重点实验室;深圳病原体高通量基因测序技术工程实验室被评为深圳市发改委重点工程实验室;医院拥有小儿血液肿瘤专业、免疫专业、小儿呼吸专业、小儿神经病学专业、新生儿科、儿童重症医学科及小儿外科七个市级医学重点学科。
医院十分注重人才建设，成功引进或培养了一批具有高学术影响力和地位的学科带头人和学科骨干，涵盖海外高层次人才B类、C类，实用型人才Ⅰ类、Ⅱ类等。现有国家级学术团体主任委员8人、常委9人、委员62人，中华医学会儿科各专业组委员12人，中国中西医结合学会儿科分会常委兼血液组组长1人，中国医师协会新生儿分会常务委员1人，《中华儿科杂志》、《中床儿科杂志》、《中华小儿外科杂志》、《中华耳鼻喉头颈外科杂志》编委或通讯编委9人，中华医学会儿科分会临床药学组副组长、中国医师协会儿科风湿免疫学组副组长各1人，广东省医学会儿科分会、小儿外科分会副主委各1人，各专业组组长及副组长6人，广东省医生协会儿科分会副主委1人;同时是深圳市医学会儿科分会、深圳市医师协会儿科分会及深圳市中西医结合学会儿科分会主委单位。