济南军区总医院前身是山东军区直属医院， 1954年9月奉命与华东军区第二0陆军医院合编为“中国人民解放军第九0医院”。1956年2月，医院正式改组为“济南军区总医院”，隶属济南军区后勤部直接领导。之后随我军编制体制改革调整，其组织结构历经12次大的调整变化，不断前进发展，现已发展成集医、教、研、预防、保健于一体的现代化综合性“三甲医院”。
济南军区总医院共展开床位1300余张，设临床、医技科室53个。现有7个全军医学专科（专病）中心，即神经内科中心、神经外科中心、计划生育优生优育技术中心、临床药理基地、创伤骨科中心、肝硬化诊治中心、肾移植与透析治疗中心。9个军区专科中心，有肾脏病研究所、医学影像研究所、消化内科中心、血液病治疗中心、眼科治疗中心、心脏外科中心、医学检验中心、血液中心、远程会诊中心。医院的特色优势技术有：骨创伤外科，特别是手、足外科技术；组织器官移植（肾、肝、角膜、骨髓移植），其中肾移植技术及数量列全国前10位，顺利通过国家准入；四肢淋巴水肿（橡皮腿）的外科综合治疗技术；干细胞的培养、转基因技术在脊髓损伤治疗中的应用；脑肿瘤的显微、放化疗，脑血管病的微创手术，血管内介入治疗，功能性疾病的微创治疗，脑外伤的早期救治与功能康复；先天性心脏病的矫治、血液净化技术、肾活检、肝硬化治疗、血液病治疗等在省内也具有较大优势。
济南军区总医院设备设施先进，医疗设备总值3.5亿元。其中，PET-CT、ECT、320排CT、双梯度1.5T磁共振、检验流水线、DSA、超声伽马刀、三维超声等设备均达国际、国内先进水平。保健楼、病房大楼实行宾馆式的服务，温馨体贴，真正体现了“以人为本”的文化理念。新启用的医技楼容纳医学影像科、实验诊断科、超声诊断科、血液净化科、病理科、药理科等科室，还建有体检中心、消化科内镜中心、全军神经内科中心实验室、全军创伤骨科中心实验室等，方便患者就医。
济南军区总医院经过50多年的建设，已发展成为技术人才密集、临床学科齐全、仪器设备先进、整体医疗水平较高，在国内外享有较高声誉的现代化医院，近年来连续被评为“全国百姓放心示范医院”、“全国医院感染管理先进单位”、“全国综合医院中医药工作示范单位”、“全军为部队服务先进医院”、“卫生信息化建设先进单位”、“爱民医院”、“省百佳医院”和“物价信得过单位”，被联合国儿童基金会评为“爱婴医院”，是山东省和济南市各类医疗保险、“新农合”定点单位。
济南军区总医院将以一流的技术，一流的设备，一流的质量，一流的环境，为广大患者提供一流的医疗服务！