南方中西医结合医院隶属于南方医科大学（第一军医大学），是学校2005年规划的重点建设项目之一。紧跟广东省建设“中医药强省”计划，以中医药学院为依托，发挥学校中西医结合学科群优势，力求三年内办成具有1000张病床规模，融医疗、教学、科研为一体、国内一流的三级甲等现代化中西医结合医院。
广东省委、省人民政府《关于建设中医药强省的决定》（粤发[2006]3号）明确提出：“支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资主体多元、医教研一体、国内一流水平的南方中西医结合医院”。省发展和改革委员会已将该项目作为中医药发展“十一五”规划重大建设项目安排，计划在建设上给予经费支持。
南方中西医结合医院座落在广州市海珠区赤岗石榴岗路13号南方医科大学南校区内。规划占地面积34000m2，规划建筑面积152300 m2，拟建设综合门诊楼、住院大楼、医技大楼、医学实验楼及行政大楼等。医院地处广州市发展中轴线，交通便利，有2号地铁赤岗站，距广州国际会展中心（琶洲）两站路程，紧邻广州新领事馆区。辐射广州大学城、番禺、南海等地。有14、20、37、264、189、252、264、298、568等十几路公交车经过医院，并连通火车站、各大商业点和旅游区。
南方中西医结合医院I期建设项目中西医结合门诊部先期开业，该门诊部建筑面积5800 m2。1-3层为门诊部，开设中医、西医、中西医结合科室22个，辅助科室7个，有标准化手术室、体检中心以及宽敞舒适的候诊大厅。4-5楼为住院部。装修精美，环境优雅。
南方中西医结合医院以西医为基础，中医为优势，中西医结合为特色，优势互补，充分发挥我校中医中药、西医等中西医学科齐全的优势，在广东省率先创建第一家中西医结合大型现代化医院。我校中医药学院的前身是中国人民解放军第一军医大学中医系，有35年的发展历史，是全军单一的中医药医教研基地，是集中医药、中西医结合专业教、医、研于一体的特色学科群。现有中医药研究所和国家中药临床药理基地各1个，国家中医药管理局重点学科3个(中医脑病学、中医肾病学、中药制剂学)、重点专病建设单位2个（风湿病、慢性头痛），广东省重点实验室和国家三级实验室各1个，广东省专业2个（中医学、中药学），广东省中医药管理局重点专科2个（脾胃病、肝胆病），拥有中西医结合、中药学博士学位授权学科2个，硕士学位授权点5个。有一批包括中央保健局医生在内的中医老专家，他们技术精湛，在国内及港澳台、东南亚地区享有盛名。西医力量拥有附属南方医院、珠江医院的大力支持和保障，中西医强强联合，共同发展，创办和发展一批中西医结合特色专科，雄据广州，辐射华南，吸引港澳台、东南亚。医院还将引进国外先进的现代医学技术和人才以及国内中医药知名专家，建立中医和西医共同发展的平台，力求建成国内一流、国外有影响的综合医院。
先期开业的中西医结合门诊部开设中医、西医、中西医结合科室22个，其中有中西医结合专科6个（风湿、脑病、肾病、肝胆、胃肠、肛肠），中西医结合联合科室5个（妇产科、骨科、儿科、五官科、肿瘤），中医科室3个（针灸理疗、皮肤美容、特色医疗），西医科室7个（呼吸、心内、神内、消化、内分泌、普外、口腔）、名医名家诊室1个。另设急诊科、体检中心。辅助科室有检验、影像、B超、心电、脑电及TCD、胃肠镜室、手术室等7个。住院中心分内、外科。