京医科大学第二附属医院（南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院），是南京城北地区少有的一所省属三级综合性医院，也是南京医科大学临床教学基地和江苏省较早全科医师培训基地。医院本部位于挹江门明城墙边美丽的小桃园湖畔，占地面积28520平方米，建筑面积49440平方米。
现有床位600张，高级职称122人，拥有万元以上医疗设备376台（套），本部共有40个临床科室，20个医技科室，十个教研室。荟萃着许多知名医学专家，拥有一批学科带头人和骨干医师，其中一批年富力强的中青年专家被选定为省“135工程”及“333工程”医学重点人才。
消化医学中心、儿科、内分泌科为江苏省级临床重点专科；小儿肾脏病的研究和治疗处于国内领先地位；内镜诊疗中心系南京医科大学内镜研究所所在地，为目前江苏省规模少有、开展项目最多、集检查与治疗为一体的内镜中心；神经内科、妇产科、普外科、烧伤整形外科、小儿外科等均在省内享有较高声誉。
京医科大学第二附属医院下辖的东院（南京市第三医院），前身为南京铁路中心医院，地处南京市鼓楼区中山北路262号，是一所具有近87年历史、融医、教、研为一体，能为各类患者提供医疗、预防、保健全方位服务的综合性医院，也是东南大学医学院等院校的教学医院、爱婴医院和南京市职工医保定点医院、江苏省离休干部医保定点医院和南京市城北惠民医院。
自2005年1月1日整建制移交南京市地方政府成为市卫生局直属管理的医疗机构后，正式更名为南京市第三医院。2007年3月28日挂牌为南京医科大学第二附属医院（东院），医院现有职工533人，中高级职称技术人员204人。在南京周边铁路沿线设有6个卫生所和5个保健站。医院多年来服务于原南京铁路分局近10万名职工家属和周边居民，为人民群众的健康作出了贡献。
两院为加快发展步伐，本着紧密联合、优势互补、共同发展的原则，将医疗资源重新组合，合理利用，新挂牌的南京医科大学第二附属医院（东院），在南医大二附院强大的技术支撑下，将积极开展新技术、新项目和对外交流活动，重视专科建设和人才培养，设立专病门诊，成立儿科医学中心、肾病治疗中心、肿瘤治疗中心、心脑血管病治疗中心等科技水平较高的特色专科。东院将借助南医大和二附院本部的人才和技术力量，秉承“人才、服务、经营、创新、数字化” 的建设发展理念；坚持人才战略，高科技、高水平发展战略；坚持精细经营，内提素质、外树形象。
南京医科大学第二附属医院（东院），将用全新的服务理念，精湛的医疗技术，舒适的诊疗环境，努力打造一流服务品牌，为建设国内高水平的融医疗、教学和科研为一体的现代化医院而努力奋斗。