中国医科大学航空总医院成立于1972年，隶属于世界五百强企业——中国航空工业集团公司，历经四十余年发展，医院已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的大型公立三级综合医院、航空工业医疗行业龙头医院、北京市北苑地区医疗中心、联合国儿童基金会和国家卫计委联合授予的“爱婴医院”、中国医院协会授予的 “全国百姓放心示范医院”、北京市卫生局授予的“平安医院”、北京市首批社会医疗保险定点医疗机构、全国无烟医院、中国医科大学非直属附属医院、北京中医药大学和四川大学华西口腔医学院教学医院。
医院拥有一个总部、四个门诊部和四个社区服务站，专业设置齐全，下设47个临床、医技科室。有现代化的洁净手术部、重症医学科、静脉输液配置中心和辐射全国的大型健康管理中心，是“中华妇科肿瘤疑难会诊中心”，设有北京急救中心北苑急救站。承担着中国航空工业集团公司50万员工的职业病防治、医疗保健工作，肩负着大型飞行试验的医疗保障和周边100余万居民的医疗保健任务。
医院占地面积约28600平方米，建筑面积73075平方米，南区建设将新增医疗用房4.6万平方米，建成后，医院建筑面积将达12万平方米。现编制床位1000张。医院拥有一流的医疗设备，有医疗仪器设备2358台(套)，设备值达2亿多元，拥有3.0T超导磁共振、320排高端CT、全视野数字化乳腺X线摄影系统、数字减影式血管造影仪(DSA)、数字化X光机(DR)、进口高端彩色超声诊断仪等现代化的诊疗设备及楼宇智能自控系统。
近年来，医院从美国匹兹堡大学、北大、协和、华西等知名院校引进一批学科带头人和专家，打造了一支结构合理、具有竞争力的人才梯队，有医疗技术人员1230人，副主任医师以上职称239人，博士后5人，博士43人，硕士246人。
医院坚持“健康中寻价值，差异中谋发展”的发展战略，大力发展重点学科。口腔科、妇产科、神经病学科群为医院重点学科。依托华西口腔雄厚实力，口腔科已成为京北地区综合医疗机构中规模最大的口腔专科;医院开设功能、微创、创伤脑血管病神经外科及脑脊液病神经外科，并联合神经内科、疼痛科、心身医学科，形成了神经病学科群;通过引进高端人才，医院组建国内首家多学科疼痛科，首批获得卫生部癌痛规范化治疗示范病房，积极创立舒适医疗体系，促进“舒适医学，无痛医院”品牌的形成。开展各项三级医院医疗项目，其中口腔无痛微创诊疗、牙种植、牙美学修复、妇科微创手术、复杂疑难疼痛诊治、神经外科介入诊治、神经内科卒中诊疗和神经电生理评定、产科无痛分娩、高危孕妇综合救治等多项技术，脑脊液病、带状疱疹后神经痛、烟雾病、面神经疾病、神经肌肉病等多种疾病诊疗技术已处于国内外先进水平。2013年初，成功完成亚洲首例渐冻人高危孕妇剖宫产手术。
医院加强与国际、国内各大医疗院校和医疗机构的合作。与中科院生物物理研究所共同成立“中国科学院北京转化医学研究院”;与中国医科大学合作，建立中国医科大学北京临床学院、中国医科大学航空总医院博士后联合培养基地;与华西口腔医学院合作，成立“华西口腔医院361分院”;与慕尼黑大学启明湖培训中心合作，成立“航空总医院德国启明湖口腔种植培训中心”;与阜外医院合作成立了心血管技术培训中心;与蒙古国合作，成为北京唯一一家“蒙古国医生来华交流定点医院”;成立了北京市第五家神经病学会诊中心及北京地区“中华医学会麻醉学分会疼痛诊疗培训基地”。
医院高度重视科教工作，不断提高技术创新能力，新成立了临床技能培训中心，慢性盆腔痛、带状疱疹、烟雾病、口腔种植、脑脊液病及渐冻人疾病6个疾病研究室。近三年承担北京首发专项课题、朝阳区课题13项，获中航工业集团公司科技进步奖3项，发表SCI论文20余篇，在核心期刊上发表论文近300篇。广泛开展教学合作，与多家高等医学院校建立了教学合作关系。医院有外聘院士2名，拥有一批博士生及硕士生导师，承担国家级继续教育项目及北京市继续教育项目近20项。与国内外著名大学及医疗机构不断开展各种学术交流活动。
医院秉持“尚德精术”的院训，以“身心护佑健康同行”为使命，坚持以病人为中心，坚持人性化服务，不断优化服务流程，为患者提供高效、便捷的优质服务，努力打造北京最值得信赖的医院。通过强强联合，医院不断引进国际先进医疗技术，向着一流的现代化医院目标不断迈进。