复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫生计生委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。在中国医学科学院发布的中国医院科技竞争力排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，我院儿科学均位居前列。医院于2017年1月获批成为国家儿童医学中心。2017年12月，医院成为亚洲第一个复评审通过第六版JCI标准的学术型儿童医学中心。2017年医院荣获“全国文明单位”、“全国未成年人思想道德建设先进集体”和“全国学雷锋示范点”等荣誉。医院连续九次荣膺上海市文明单位。
医院宗旨：一切为了孩子。医院使命：建树医学典范，呵护儿童健康。医院定位：立足上海、服务全国、辐射亚洲。医院愿景：亚洲一流的儿童医学中心，儿科医学教育向全国辐射的中心，中外儿科学术交流的重要桥梁。医院院训：团结、奋进、严谨、创新。医院理念：尊重、平等、热情、关爱。
在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，座落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通儿内科门诊服务功能，以满足周边地区病人的需求。新医院占地153亩，现有建筑面积10万平方米。截止2017年底，在职职工1757人，高级职称专家175人，博士生导师35名，硕士生导师33名。
医院经过65年的发展，儿科综合学科实力领先，专科临床诊治特色突出，目前共设50个临床专业医技科室，拥有一大批国家级和省部级重点学科。国家临床重点专科：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。卫生部临床学科重点专业：新生儿、外科、心血管、传染病。上海市重中之重临床中心：儿科疾病临床医学中心。上海市重中之重重点学科：儿科、小儿外科。上海市医学重点学科：新生儿。上海市临床中心：小儿外科疑难重症临床医学中心；新生儿会诊抢救中心；新生儿先天性心脏病筛查诊治中心。上海市医学领先专业：呼吸急救。上海市公共卫生重点发展专业：小儿传染病。上海市临床质控中心：儿科质控中心，新生儿临床质量控制中心，上海市新生儿先天性心脏病筛查质控指导中心。2017年，根据国家儿童医学中心功能定位，设立6个以学科群为特征的临床中心：儿科疑难危重症、新生儿、出生缺陷、传染感染和免疫、血液和肿瘤、儿童保健和康复。
医院有2个省部级重点实验室，分别为卫生部新生儿疾病重点实验室和上海市出生缺陷防治重点实验室。科研实力雄厚，近10年来，承担640项科研课题，纵向经费3.8亿元。包括国家重点研发计划、国家自然科学基金重点课题、卫生部行业专项、国家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撑计划等重要项目。在《The Lancet》、《Pediatrics》、《Journal of Pediatrics》和《Pediatric Research》等重要国际学术期刊发表SCI收录论文980篇（近4年570篇），获省部级以上奖项46项。出版《儿科学》、《小儿外科学》、《实用新生儿学》、《实用儿童保健学》、《实用新生儿小儿外科学》、《实用新生儿护理学》、《小儿感染病学》、《现代实用儿科学》等五十余部重要专著。主办《中国儿科循证杂志》进入国家核心期刊，并与美国儿科学会协作主办《Pediatrics中文版》。
复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，每年承担13个专业1000余名医学生的临床教学与实习培养；每年在读博士和硕士研究生200余名。医院拥有国家儿科和儿外科住院医师规范化培训基地以及13个上海市儿科亚专科和儿外科医师培训基地，每年培养200余名住院医师和专科医师。医院每年培养长期进修学员300名，短期进修学员250名，至今已经为全国各地培养进修医生1万余名。每年举办50-60期国家级继续教育学习班。
医院先后与美国、加拿大等国家的25家国际上知名的医学机构和国内60多个单位建立密切协作关系。每年接待外宾讲学、交流200余人次。多次主办或承办大型儿科国际学术会议，包括国际儿童医院院长会、第43届太平洋小儿外科年会、第16届国际儿科肾脏病大会、IMFAR亚太区孤独症论坛以及上海新生儿论坛、儿科心血管国际研讨会等等。
几十年来，儿科人以“一切为了孩子”为宗旨，以“团结、奋进、严谨、创新”的院训勉励自己，贯穿“以人为本”的服务理念，构建和谐稳定的医院文化，营造规范有序的工作氛围，在国内外享有盛誉。