甘肃省农垦职工医院，始建于1963年，是在中国人民解放军生产建设兵团农业建设第十一师中心医院基础上发展起来的，目前已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健和急救于一体的综合性二级医院。
是甘肃省、玉门市及农垦系统基本医疗保险定点医院、是中国人寿、中国财产、中国平安等保险公司定点医院、是甘肃省酒泉市、玉门市、瓜州县新型农村合作医疗、城镇居民医疗保险定点医院。医院占地面积4.8万平方米。拥有床位120张，临床科室12个，辅助医疗科室8个。其中专业技术人员73人，副高职以上人员10人。
甘肃省农垦职工医院于2005年，经甘肃省卫生厅批准成立甘肃省农垦疾病预防控制所。是甘肃农垦单一纳入省级财政预算的农垦职工医院，医院拥有先进的医疗设备，精湛的技术水平，优良的服务质量，吸引了各地患者前来就医。
骨伤科拥有床位40张，是省农垦少有的骨科治疗基地。目前，医院在急性脑血管病、中风后遗症、脑外伤、脊髓、脊柱损伤、骨折、疼痛、灼伤等近20项疾病的康复治疗有独到之处。其中对偏瘫、截瘫、脑瘫、昏迷等疾病的康复治疗效果显著。经专家评审，2005年医院被省劳动和社会保障厅批准为全省农垦职工工伤鉴定定点单位。
心血管内科由心电生理学和心血管疾病的药物治疗学两个专业组成。心血管内科集中了先天性心脏病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、瓣膜性心脏病、大血管病、心脏肿瘤的药物、心电生理治疗和相应的设备，主要开展先心病、冠心病、瓣膜病、大血管病、心脏肿瘤的药物、心电生理综合治疗。
显微外科主要实施断指、断臂再植、皮瓣移植、臂丛及多神经损伤、骨及手外科矫正、肢体不全离断再植等手术。手指再植成功率达90%，再造成功率高达95%，能少有程度的恢复手外伤患者的手功能。
消化内科对一般消化疾病和肿瘤的化疗效果显著，该科采用胃肠镜技术，可开展食道支架、胆道支架、胆管支架等技术吸引了周边地区的大批患者。
甘肃省农垦职工医院确立了“服务立院，科技兴院”的指导思想，建立了“以病人为中心，以医疗为主导，以护理为基础”的服务模式，推出了“首诊负责制”，“一站式服务”，“护理聆听服务”等服务举措；积极开展了“为病人献爱心”活动，借此带动全院职工提高服务质量。医院各级领导时刻注重加强医德医风建设，真抓实干、标本兼治，采取了一系列行之有效的治理措施，受到社会各界的广泛赞誉
甘肃省农垦职工医院2006年被省酒泉市授予“全市卫生系统价格计量信的过单位”的称号。医院以科学发展观为动力，“以病人为中心，以提高医疗服务质量”为宗旨，打造“百姓放心医院”，为垦区人民和驻地群众身体健康贡献力量。