明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安宁”之祥意建右安门，以护城市的安康。建国初期，彭真市长亲临右安门外，规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模及学科设置均为亚洲之首。1989年更名为北京佑安医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院和首都医科大学第九临床医学院，同时承担着“国家生命科学与技术人才培养基地”和“国家感染与传染病专科医师进修基地”的教学和培训任务。同时医院还设有“北京市肝病研究所”“首都医科大学肝病与肝癌临床研究所”“北京市性病艾滋病临床诊疗中心”及“国家药物临床试验机构”等临床科研机构。
医院自1957年建院以来，伴随着科学技术的飞速发展、人民群众对健康的多层次需求、传染病疾病谱的变迁、医学模式的转化以及医药卫生体制改革的不断深入，历经几代人的艰苦奋斗，医院在传染病诊治、突发公共卫生事件应对以及消除急性传染病对人民群众健康危害的能力和水平上都取得了极大地发展，昭示出新中国60年来传染病防治事业的辉煌成就。
今天的佑安医院，与国民经济和社会发展以及医疗卫生体制改革同步，进一步确定了未来中长期发展定位与战略规划。
佑安医院将发展成为一家以感染、传染及慢性相关性疾病群体为服务对象，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心，同时搭建起国际化高新医药科技临床与转化医学研究高端平台。
医院占地面积52280平方米，建筑面积48246平方米。开放床位550张(新的门诊楼及呼吸病房楼共28000平方米正在建设中，改扩建后开放床位达750张)。医院技术力量雄厚，专业技术人员占87%;高级职称100余人，博士及硕士研究生百余人，博士/硕士研究生导师近30名。北京市优秀跨世纪人才、北京市科技新星、突出贡献专家及享受政府特贴专家近20人。拥有一支结构合理、适应21世纪医学发展需要的老中青相结合的的专业人才梯队。聘请了英国、美国等国内外著名的专家组成的客座教授队伍。
在学科发展上，佑安医院倡导临床医疗与临床研究相融合，创新临床与转化医学研究模式，实行中心化、组制化学科建制，形成了系统的内科、外科、专业辅助诊疗及临床研究四位一体的肝病中心、感染中心、消化中心、微创介入中心、妇幼中心、中西医结合中心、人工肝中心、肝脏移植中心、五官中心及急诊中心等中心化临床医疗体系和以临床检验中心、影像中心、病理中心、生物医学信息中心为一体的临床诊断体系。形成了以临床研究课题为基础的医、护、技三结合的科研小组，以及以肝病康乐家园和爱心家园为载体的医患互动会员制慢病终身随访管理服务体系。使佑安医院在病毒性肝炎与肝癌;艾滋病与新发传染病;感染免疫与生物医学三大领域形成优势学科，从而实现组织结构合理、学科专业齐全、运营服务高效、诊疗技术精湛的完整学科发展链。
科教兴国、教科兴院。佑安医院的学科与技术优势还体现在病原微生物感染与传染机制及流行病学研究;病毒检测与抗病毒诊疗研究;肝病内分泌与免疫学研究;肝病生物学与人工肝技术;肝病消化内镜与微创介入技术;乙肝产妇母婴阻断技术;肝病危重症诊疗与监护技术;肝脏移植技术;肝癌整体化综合诊疗技术;瘟疫与肝病中西医结合诊疗技术;国家药物临床试验机构的建设和生物医学信息网络与分析技术等领域。其中，乙型肝炎相关肝癌早期分子诊断标志物筛查与早期生物干预技术;联合ADV-TK基因治疗肝癌的临床新策略诊疗方案;肝移植术后乙肝主动免疫重建及肝移植围手术期脏器功能保护技术达到国际领先水平，形成了多个重点优势学科。
在国内外学术交流与合作领域，医院与美国华盛顿大学、英国牛津大学分别建立了传染病及慢性相关性疾病临床研究合作中心;与医科院、中科院、军科院、国家CDC流行病所等科研单位开展了广泛的学术交流与合作研究。
在教学领域，医院在内科传染病学、普外科与器官移植学、临床检验诊断学、皮肤性病学、影像医学与核医学、生物化学与分子生物学及中西医结合学科，拥有8个硕士研究生点、4个博士研究生培养点和2个博士后流动站，在研学生近百名。医院先后开展了全国感染与传染病专科医师培训、全国传染病医院医院感染专科培训、感染与传染病ICU专科护理培训、美国NIH临床研究高级培训、临床工程师资格认证岗前培训等继续教育项目，取得了显著的成绩。
佑安人秉承“尊道厚德、互佑平安”的文化理念，坚持“求实、奉献、精湛、创新”之训导，传承不畏艰苦、奋发拼搏、唯求奉献的医院精神。遵循“让每一个职工每一天都能以愉快的心情走上他的工作岗位，让每一个病人每一次都能以简捷的方式得到满意的医疗服务，以医务人员为本，以病人为中心，创建人民满意医院”的服务宗旨。立足首都，面向全国，成立了《佑安医疗联盟》，联盟单位遍及全国24个省、市、自治区67家医院。并创建了中国初级卫生保健基金会佑安肝病艾滋病基金，积极开展社会公益事业，构筑起抵御传染病及慢性相关性疾病，防、治、保、康一体化的钢铁长城。
今天的佑安医院，已经构建起以临床医疗、公共应急、科学研究、医学教育、健康指导五位一体的临床与科研相融合的大型综合性医学中心，在应对突发公共卫生事件方面成为了国家队的主力军。医院先进的医疗仪器装备、完善的基础研究设施、精良的专科医疗技术、团结奋进的学科梯队及广泛的学术交流与合作，使佑安医院成为在国内外享有盛誉的知名医疗机构。连续被评为全国卫生系统先进集体、首都精神文明建设标兵单位，荣获全国五一劳动奖状、全国三八红旗集体等光荣称号。胡锦涛总书记、温家宝总理、吴仪副总理、王岐山副总理、北京市委书记刘淇、卫生部长陈竺、党委书记张茅等党和国家领导人均先后亲临佑安医院视察指导，给予佑安人极大的鼓舞和鞭策。
“与时千帆渡，更见佑安红”。在新时期构建国际现代化医院及公共卫生救治体系建设中，佑安人正以饱满的改革创新精神，以人为本、与时俱进、科学发展，为建设具有国际水平的研究创新型、资源节约型、人文和谐型医学中心而努力奋斗。
所获荣誉：
“十一五”、“十二五”期间，医院在肝炎与肝癌、艾滋病与新发传染病研究领域，承担了国家重大专项，973、863、国家自然科学发展基金、首发基金等科研课题150余项，累计科研经费超过1.5亿元，获得了众多国家级、省部级科研成果奖，发表了数百篇高质量科学论文和专著，一跃列入北京市卫生系统先进行列。
先进设备：
全身CT、特定蛋白分析仪、全自动免疫分析系统、彩超、1250mAX光机、动态心电图仪、高压氧舱、系列电镜、氨基酸分析仪、心脏监护仪、DNA序列分析仪
乘车路线：
行车路线(外地患者):
火车站路线:从北京站出发,步行至东便门乘坐59路,在大观园下车,步行至医院;
从北京西站出发,步行至南广场乘坐53路,在大观园下车,步行至医院;
行车路线(本地患者):
乘坐公交458路、717路、939路在大观园下车,步行至医院。