阜阳市第二人民医院建院于１９７４年，前身为阜阳地区传染病医院，经过２６年的建设和发展，规模逐渐扩大，服务功能日臻完善，现已成为二级甲等综合性医院。１９９７年被蚌埠医学院确定为临床教学基地。
阜阳市第二人民医院占地７万平方米，固定资产５０００万元，拥有病床４５０张，临床医技科室３９个，医护员工４００余人，其中高、中级技术人员１７０人，蚌埠医学院兼职正副教授１５人，年收入３０００万元左右，年门诊量１０万人次。
阜阳市第二人民医院附设有阜阳市出血热研究所和阜阳市结核病防治所两个科研机构。内设阜阳市血液净化中心、中西医结合肝病研究所、上海医科大学阜阳心脑血管病防治协作医院、天津市眼科医院阜阳市二院眼科协作中心和上海市第一肺科医院阜阳市二院胸科联合病房，并建立了阜阳市二院分院和阜阳市二院男科医院。
阜阳市第二人民医院主要科室有：急性传染病科、呼吸内科、肝病科、普内科、心脑血管神经内科、肾病科、肿瘤内科、普外科、脑外科、胸外科、泌尿外科、骨科、妇产科、儿科、大五官科、康复理疗科、放疗科、高压氧科、手术室、影像中心、功能检查科、检验科、远程人诊中心等４０余个临床医技科室。其中：呼吸内科、肾病科、心脑血管神经内科、肝病科为市临床医学重点专科，传染科为特色专科。
阜阳市第二人民医院始终坚持以科技兴院为先导，尊重知识，尊重人才，目前既有知名度高、学术造诣深的老专家，又有一批业务能力强、颇有建树的中青年技术梯队骨干。医院先后获部、省、市级科研成果奖二十余项，年发表学术论文１００余篇。医院已成为皖西北地区医、防、教、研中心之一，医疗服务范围覆盖全市和邻省交界地区。
阜阳市第二人民医院设备精良，拥有西门子全新原装磁共振、直丝加速器、全身ＣＴ机、彩色超声波仪、８００ＭＡ数字化Ｘ光机、日本日立全自动生化分析仪、美国百特ＳＰＳ４５０、５５０型系列人工肾、欧林巴斯系列纤维支气管镜、电子胃镜、结肠镜、腹腔镜等高新医疗设备。
阜阳市第二人民医院文明创建也取得了丰硕成果，曾多次被国家卫生部、省卫生厅、市委、市政府命名为全国、省、市卫生先进单位和文明单位、阜城窗口行业“十佳单位”、“极佳优质服务先进单位”、“行风建设先进单位”和“十佳党委”等光荣称号。
目前医院正深入开展以病人为中心，创优质服务，树行业新风竞赛活动。全体员工决心加快医院现代化建设和实现发展的宏伟目标团结拼搏、奋力开拓，迈向２１世纪。