辽宁中医学院肛肠医院，即辽宁中医学院第三附属医院、辽宁中医学院第三临床学院（下简称：肛肠医院），已有48年的发展历史，集医疗、教学、科研于一体，是辽宁省肛肠学会主任委员单位，省市各级医保定点医院。
目前已发展成为国内少有的高等医学院校附属专科医院。1998年被评为辽宁省重点专科医院，2001年被确定为国家局级重点学科建设单位，2002年又被确定为国家“十五”重点专科建设单位。
辽宁中医学院肛肠医院位于沈阳市和平区十一纬路35号，拥有床位260张，专业技术人员160名。专科设备先进，诊疗技术上乘，服务功能完备，专家教授知名。门诊设有痔瘘专科门诊、大肠内科门诊、大肠外科门诊及肛周皮肤科门诊等科室；病房设立肛肠病一、二、三住院病区、大肠内科住院病区及大肠外科住院病区；拥有电子结肠镜、大肠水疗、肛门直肠镜、肛门直肠压力测定、数字胃肠X光机、彩超等先进的大型仪器设备及齐全的临床科研实验室。拥有一个国家二级实验室。
辽宁中医学院肛肠医院每年收治大量病人，年门诊量达30000余人次，住院患者近3000人次，收治病种几乎涵盖了肛肠专科的所有疾病，各类大肠炎性疾病、重度痔疮、便秘、肛周脓肿、高位复杂性肛瘘、肛周皮肤瘙痒症等临床常见疾病的中医及中西医结合诊断率、治疗率均达到国内先进水平，同时可开展无痛肠镜检查、大肠水疗、大肠息肉镜下电切、大肠良恶性肿瘤手术、家族性息肉病手术、PPH术等先进的诊疗方法，为广大患者提供优质低价的服务，获得良好的医疗效果及社会评价。
辽宁中医学院肛肠医院在取得良好的经济效益的同时，始终坚持为病人“服好务、治好病、少花钱”的宗旨，认真履行对病人的各项承诺，拒绝“红包”，杜绝“吃、拿、卡、要”，发扬高尚的医德医风，树立医院的良好形象，在辽宁省内颇具影响，2005年2月经中国社会经济调查所经济调查部调查，医院被评为“辽宁社会信誉医院”。同年3月正式向社会公布医院对病人的“十六项承诺”，切实做到诚信服务。
辽宁中医学院肛肠医院是中华中医药学会确定的东北三省继续教育基地，多年来一直坚持对专业技术人员的培训和继续教育，目前已举办了4期全国肛肠病高级诊疗技术培训班，培训来自全国20多个省市地区的专业技术人员200余名。医院始终注重对临床见习医师和进修医师的培训和带教，由专人负责，安排主治医师或研究生学历以上的临床医师亲自执教，定期组织业务学习、专题讲座和手术观摩，使学员能够全方面的接触临床，专业技术水平迅速提高。
辽宁中医学院肛肠医院拥有一支医教研全面发展的专业人员队伍，拥有博士研究生导师1名，硕士研究生导师2名，博士研究生2名，硕士研究生18名，辽宁中医学院科技拔尖人才1名，辽宁中医学院个性青年技术骨干1名。
承担科研课题1项，省级科研课题6项，获得辽宁省政府科技进步二等奖、三等奖各1项，出版学术专著5部，发表学术论文100余篇，研发自制中药制剂12种。
辽宁中医学院肛肠医院“两个重点”和“一个机构”的建设，即国家局级重点学科，国家“十五”重点专科，国家药物临床试验基地（GCP）的建设，使医院的整体水平得到了明显提高。
建立健全了各项规章制度和操作规程，逐步完善各个职能科室的功能设置，对医院各个环节实行规范化、系统化管理，以“科学发展观”为指导思想，以“学科专科立院、诚信服务强院、规范管理治院、科学技术兴院”为发展理念，以“建好大专科、强化多功能、打造精品医院、提升两个效益”为发展目标，全力打造辽宁中医药大学的精品附属专科医院。