新疆医科大学附属中医医院建于1959年7月1日，是新疆单一一所省级综合性中医医院，同时也是新疆维吾尔自治区中医药研究院，新疆中医名医名方研究开发中心，是自治区中医医疗，教学，科研工作的主要基地和中医学术带头单位。
新疆医科大学附属中医医院现有职工877人，其中有专业技术人员780余人，享受国家特殊津贴的专家4人，自治区优质专家3人，正高职称专业技术人员37人，副高职称专业技术人员63人，中级职称专业技术人员278人，初级专业技术职称技术人员304人。形成了一支强大的医疗队伍。
新疆医科大学附属中医医院设有内，外，妇，儿，骨伤，眼，耳鼻喉，皮肤。老年病，针灸，推拿，口腔等专科及干部保健病区，有相应的二级分科33个。并有设备先进的临床检验中心，摄像中心和功能，病理检查等辅助科室及配套的后勤服务系统。医院有国家中医药管理局重点中医专科：心血管专科，国家中医药管理局重点中医专业建设协作单位有：眼科，皮肤，血液，肛肠四个学科，医院重点学科有骨伤，肛肠科。医院也是全国针灸临床研究中心新疆分中心，并有糖尿病，乳腺炎，前列腺炎，眼底病，不孕症，风湿病，银屑病，针灸治疗美尼尔氏病，小儿过敏性紫癜等特色专科。年门诊量达40余万人次，住院人次10000余人次，平均住院日在19天以下，病床使用率在98％以上，病床周转次数18次/床。
新疆医科大学附属中医医院现有中医内，外，妇，儿，针灸等9个教研室，中医内科和中西医结合两个硕士点，硕士生导师21人，已招收硕士研究生19人。医院有研究员5人，副研究员5人，助理研究员5人，近年来还承担多项国家中医药管理局，自治区科技厅及卫生厅，新疆医科大学科研课题，多次取得自治区科技进步奖。
新疆医科大学附属中医医院曾获得过多次表彰：
1994年被国家中医药管理局评定为“全国三级甲等中医院”
1995年被卫生部，国家中医药管理局，人事部授予“全国卫生系统先进单位”
1997年被卫生部评定为“全国医院文化建设先进单位”
1998年被卫生部审定为“临床药理研究基地”
2001年被自治区精神文明委授予“自治区文明单位”
是自治区，乌鲁木齐市，新疆生产建设兵团城镇职工基本医疗保险定点医院。
新疆医科大学附属中医医院将继续本着“一切为了病人,为了病人一切，为了一切病人"的宗旨，同心同德，艰苦奋斗，不断探索适合中医院发展的经营之路，跨出国门，走向世界。以我们的执着与努力为弘扬祖国传统医药学再创新的辉煌，提供一个技术优良，服务优质，深受各族患者信赖的中医医院。