南京市栖霞区迈皋桥医院全院设有:内科、外科、妇产科、骨伤科、儿科、中医科、皮肤科、眼科、五官科、口腔科、防疫科、门急诊部、注射输液室、药房等科；其中重点发展专科为：
（1）骨伤科:是医院重点专科，开设病床40张，有中西医专科正副主任医师4名及专业医护人员10余人，拥有手术中中拍片的电动手术台和C-臂X光机、移动式床边摄片机、智能型三维按摩牵引床、骨创伤治疗仪、微波治疗灯、电控及轮控颈椎牵引器、下肢关节康复器等较先进的器械设备，诊治范围涉及骨科各个领域，能开展各种骨创伤及骨病的常规手术和多种高难度复杂性手术。
如:全髋骨关节置换术、瓣移植治疗骨颈骨折及股骨头坏死、多钢板固定治疗严重骨盆骨折、脱位、椎弓根螺钉固定治疗胸腰推爆裂骨折合并硬膜撕裂巨大马尾疝、多节段推间盘突出症开窗髓核摘除、股体开放性粉碎性骨折伴血管神经损伤的骨折内固定神经血管修复术等。
（2）内科:现有医务人员20余人，其中副主任医师2人、主治医师4人，拥有心电监护仪、动态心电图仪、超声雾化吸入仪、血糖测定仪、血稀氧治疗仪等检测治疗设备，主治各类心脏病（冠心病、高心病、风心病、心肌病、心律失常等）；各类急性脑血管病（脑出血、脑梗塞、蛛网膜下腔出血等）；各类急性中毒（药物、农药、洒精、CO等）；以及肝硬化，消化性溃疡、出血，胰腺炎，肺部感染、肺性脑病、咯血，糖尿病，贫血，肿瘤化疗等各种常见病、慢性病的诊治。
（3）妇产科:现有医务人员30名，其中高级职称3名，中级职称11名，拥有B超、脐血流仪、微波治疗仪、胎心监测仪、心电监护仪等设备。
为南京城北地区少有的产科，各项工作指标在全市二级医院中名列前茅，年门诊达2万余人，年接生率近千人，年计划生育手术达2千人次。妇产科除常规开展系统的产前检查，还开展放射免疫法、产科高危门诊等提高产前检查质量。
在处理生理产科的同时，对各种病理产科的处理也进一步加强完美，如：前置胎盘；产时、产前、产后大出血；胎盘早剥；妊高症；妊娠合并糖尿、心脏病等能妥善处理，并积累了一定的羊水栓塞抢救处理经验。
对妇科常见病如阴道炎、宫颈炎、附件炎、盆腔炎的诊治，对黄体破裂、宫外孕、妇科肿瘤等较复杂病例都有较丰富的处理能力。计划生育工作也是妇产科的强项，如：镇痛人流、无痛人流、药物流产、诊刮术、中期及晚期妊娠的引产、上环、绝育术等。