南京市第二医院由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院于1996年合并组建，1997年通过省卫生厅评审，成为江苏省单一的三级传染病医院。
现为东南大学医学院附属医院，南京大学医学院、南京医科大学教学医院，镇江医学院检验系教学基地，徐州医学院和苏州医学院硕士生培养点。医院分设钟阜部（院机关所在地）和紫竹林部，占地近8万平方米，建筑面积近6万平方米。院内树木葱茏，百花争艳，环境优美，是一座典型的花园式医院。
南京第二人民医院现有职工729人，卫技人员占75％，高级专家兼职教授66人，其中省定333工程人才3人，省、市科委跨世纪人才7人，临床研究生13人。编制床位600张，分设16个病区。其中钟阜部10个病区380张床位，主要收治各种法定传染病。设有肝内科、外科、妇产科、儿科、传染杂病科、中西医结合科、麻醉科等临床科室。门诊部设有相应的专科及专家特色门诊。
为适用疾病谱变化以及社会需求，充分利用卫生资源，医院在紫竹林部增设南京市肿瘤医院与南京市老年病医院，编制床位220张，分设6个病区，主要收治肿瘤病及老年病。设有肿瘤内科、外科、老年病科以及社区服务部。其门诊部除设有相应的专科外，还设有动、宠物咬伤疫门诊，性病门诊等。
南京市第二医院承担了南京地区及周边省、市传染病诊治任务，医院以医疗服务为重点，狠抓医疗质量，为病人提供高水平专科医疗服务。近年来，在病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、乙脑、流脑等传染病的诊治，以及狂犬病的免疫预防方面进行了系列研究和临床实践，临床治愈率均有较大提高，同时医院加强重点科室------肝病内科、肝炎产科、传染病科和检验科的建设，积极发挥重点科室在医、教、研等方面的积极作用。
南京第二人民医院坚持科教兴院，拥有一批省内外有影响的传染病诊治专家，其中多人担任全国、省、市传染病学术团体负责人。努力开展临床应用性研究和科技开发，与国内外医学院校建立广泛的科研合作关系，先后与美国布朗大学、日本名古屋市立大学医学院进行科研合作。近三年以表省级以上论文342篇，近五年获科研成果奖23项，其中省部级10项，市厅级13项。
南京二院治疗肝炎八大特色 1、 人工肝治疗重症肝炎 2、 穴位注射治疗肝炎 3、 高压氧治疗肝炎 4、 重症监护治疗肝功能衰竭 5、 消除腹水有办法 6、 手术治疗门脉高压症 7、 注射硬化剂止血 8、 抗病毒治疗肝炎
先进设备：
南京第二人民医院现有固定资产4800万元，拥有多种先进医疗设备，主要有：美国雅培免疫分析系统、雅培全自动生化分析仪、美国产GE彩超、血气分析仪、特定蛋白分析仪、瑞典产血液透析机、三维立体放疗系统、人工肝支持系统、美国数字胃肠X光机、钴60治疗机、X线模拟定位仪、腔内后装治疗机、以及德国西门子全身CT等。
南京第二人民医院十分重视医德医风建设，1986年、1995年两次荣获全国卫生系统先进集体；1992年以来连续七年保持了省文明单位的光荣称号；1985年以来连续14年保持南京市文明单位称号；先后多次荣获省行风先进单位，且荣获市白求恩杯竞赛综合大奖第一名。