佛山市中医院三水医院前身为佛山市三水区中医院，三水区中医院由复办于1983年2月的原三水县中医院发展而成。三水县中医院复办当年房屋面积260平方米，员工22人，其中中医药人员8人，开设中医内儿科、骨伤科、针灸科门诊，当年门诊量87173人次。1984年迁入到西南镇人民一路46号，2011年12月27日顺利迁至西南街道环城路2号。上世纪90年代中期，医院被评为二级甲等中医医院。
由于卫生体制政策的不断变化，人民群众对医疗保健的要求日益提高，三水区中医院已不能适应社会的需求，且医院位置偏僻，交通不便，医疗业务用房严重不足，设备陈旧老化，医院人力资源配置也严重不合理，开放不足100张的住院病床，医院发展徘徊不前。
2005年10月，三水区中医院迎来了中医药事业振兴的历史机遇!本着资源共享，优势互补、互惠互利、共同发展的原则，三水区人民政府与佛山市中医院签约将原三水区中医院整合建设为“佛山市中医院三水分院”。
2011年1月，“佛山市中医院三水分院”更名为“佛山市中医院三水医院”。
2012年10月26日，三水区政府和佛山市中医院审时度势、高瞻远瞩，高度重视三水中医药事业的发展，通过充分沟通、协商，达成一致，以建设现代化、高标准的中医医院为宗旨，以医疗救治为中心，为三水人民提供更好的中医药服务，佛山市中医院三水医院新增挂“三水区中医院”牌子，为佛山市中医院三水医院作为三水区中医中药的龙头医疗机构，更好地履行区(县)级中医院和公立医院的职责与义务，开拓了新的道路。
整合7年来，佛山市中医院从领导班子到普通员工，对三水分院的发展始终给予高度关注和人财物的大力支持，派驻多位管理精英和各科专家支持三水分院，在医院建设、制度完善、专科发展、人才培训等方面进行传、帮、带。从2006年开始着手筹划医疗综合大楼的建设，并于2008年10月正式确定工程建设方案，在整个工程建设过程中，总院指派一名领导和相关职能部门人员负责和指导工程建设，保证工程的顺利进行。
医院围绕“树正气，抓质量，重服务，讲效益，保安全，顾大局，求发展，创品牌”的发展思路，依托总院的品牌效应与资源优势，不断强化全体员工的服务意识，优化服务流程，重视技能培训，突出中医药特色，增加设备投入，先后投资近2000万元更新医疗设备。医院在基础设施建设、规范管理、专业技术人员培养、重点专科建设、中医护理、药事管理等方面，均取得了显著成效。医疗技术与服务水平明显提高，临床科研取得长足进步。2010年，医院门、急诊人数已逾68.5万人次，住院床位使用率超过100%，出院病人增幅超100%，手术病人增幅超200%。骨伤科、针灸推拿科被确定为三水区医学重点专科。
医疗综合大楼建筑面积约33000平方米，主楼11层，裙楼3层，地下1层，总投入资金约1.5亿元。裙楼为门诊部，主楼设置7个住院病区，开放床位350张。
医院现有在岗员工520人，其中：硕士研究生导师2人，主任医师6人，副主任医师31人，副主任护师8人，中级技术职称135人，各类专业技术人员415人。设有急诊科、骨伤科、内科、针灸推拿科、康复科、外科、儿科、麻醉科、深切治疗部(ICU)、妇科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、口腔科、体检科、药剂科、医学影像科、功能检查科、检验科等临床、医技科室。
医院拥有西门子SOMATOM Emotion 16排螺旋CT机，数字化X线摄片机(DR)，西门子C臂X光机，西门子床边X光机，奥林巴斯AU-400、贝克曼AU-680全自动生化分析仪，奥林巴斯腹腔镜、输尿管镜、电子胃镜和肠镜、电子纤维支气管镜，体外震波碎石机，日立彩色B超，Drager麻醉机，夏美顿呼吸机，血液透析机，美国爱尔康超声乳化仪，心脏除颤器，中央监护仪等价值超过4000万元的医疗设备。
新医疗综合大楼的全面使用，使佛山中医院三水医院告别了地点偏远、交通不便、房屋陈旧、设施落后的时代，开启了中医院现代化建设新里程，医院将以此为新起点，以更高的要求、更高的标准来建设医院，发展医院，以“服务好、质量好、医德好、群众满意”为己任，为三水区的经济腾飞，为三水市民的健康保障，做出应有的贡献。