北京医院始建于1905年，最初的名称叫德国医院，二战胜利后改称市立北平医院。1949年4月，中央军委卫生部带领延安中央医院和白求恩国际和平医院的医务人员接管了当时的“市立北平医院”，并随着北京地名的变更改名为“北京医院”。岁月冲刷了过去的印记，却留存下北京医院的风格——含蓄内敛、朴实无华。“北京医院”这四字行草，是1950年毛泽东主席提笔书写的，如今成为了这里的重要标志。北京医院继承了延安中央医院的重任和优秀传统，继续为党的高级领导干部提供医疗保健服务，继续肩负着中华人民共和国领导人保健事业的重任。
1964年对于北京医院来说，注定是有历史意义的一年。这一年，毛泽东主席亲自批示，北京医院对外开放，为广大普通百姓服务成为了北京医院新时代下肩负的又一个重要职责。
如今，北京医院遵循“忠诚保健事业，心系人民健康”的院训，已经发展成为一所面向全社会开放，医、教、研、防全方位发展的现代化综合性医院。不仅是直属国家卫生健康委员会的三级甲等医院，而且也是中央重要的干部保健基地。
北京医院位于北京市中心，占地面积 55800多平方米，建筑面积 227788平方米，现有床位1247张，职工 2604人，其中医生670人，护士1038人，医技人员 257人，药师97人。具有正副主任医师、正副教授、研究员及相应职称的高级技术人员462人；博士、硕士766人。医院设有临床和医技科室 38个，长期承担着中央领导干部的医疗保健任务及 15000余名司局级以上干部医疗保健任务和80余万参保人员的医疗保险工作。同时，还接待大量京外各地转诊的疑难危重病人。北京医院有承担多次国家大型活动、重要会议的医疗保健工作的经验和能力，曾出色地完成了多次外国元首的医疗保健任务。
为了更好服务于患者医疗需求，医院设立专项资金购置全球领先设备。医院目前拥有4台MRI(1台双源3.0T MRI，1台移动式3.0T MRI，2台1.5T MRI）、4台CT（320排640层CT，宝石能谱CT）、双向数字减影心血管造影机、ECT、PET/CT、立体定向适形调强放疗加速器、多功能手术导航设备、流式细胞仪、全自动血库系统等。医院设备总值15.2亿元。2013年，新购医疗设备总值 1.2亿元，其中价值超过100万元设备有68台。
北京医院在老年病的医疗、护理、康复、保健方面成绩显著并已形成了自己的特色。心血管内科、呼吸与危重症医学科、神经内科、泌尿外科、中医科、老年医学科、医学影像科、药学部、卫生部临床检验中心、卫生部北京老年医学研究所（重点实验室）、临床护理为国家临床重点专科建设项目。在以老年病为重点的相关疾病的诊治如糖尿病、帕金森氏病、冠心病的内外科治疗、脑血管疾病的介入治疗、老年痴呆、前列腺疾病、骨关节病、肺部感染、重症肌无力等方面处于国内领先水平。近年来，医院成功地进行70岁以上高龄手术4600余例，其中最高手术年龄为104岁，冠心病介入治疗最高年龄为91岁，在高龄患者的疾病诊断和治疗方面积累了丰富的经验。
医院拥有一批老一辈著名学术专家和保健专家：普通外科专家吴蔚然教授（名誉院长），首届国医大师李辅仁教授，心血管专家高润霖院士（名誉院长），神经内科专家蒋景文教授，许贤豪教授，口腔医学专家栾文民教授，骨科专家黄公怡教授，放射学专家李果珍教授，核医学专家屈婉莹教授，心胸外科专家吴良洪教授等。还拥有一批中青年学术带头人和技术骨干，在医院的学科建设中发挥着重要作用。
北京医院在护理工作方面一直处于国内同行业的领航地位，这里走出了林菊英、曾熙媛两位南丁格尔奖章获得者，并积淀出了深厚的“仁爱为本、慎独为魂”的护理理念。在我院不断建设发展的各个历史时期，护理工作始终在医疗活动中起到重要作用。文革以前，我院的保健护理工作已形成了耐心、细致、周到、热情的优良传统和作风，得到了各级领导的好评。医院对社会开放扩大规模以后，为培养符合我院要求的后备护理人才，于1970年成立了北京医院护校，护校培养的各届毕业生成为了我院护理工作的中流砥柱。1981年，经卫生部批准，我院恢复护理部，林菊英、曾熙媛、蔡中艳、孙红先后担任护理部主任，谱写了护理工作的新篇章。2008年起，作为优质护理服务重点联系单位，我院护理部相应卫生部号召，在全院所有病房开展优质护理服务。同时，护理部在科研方面也加大了管理和培训力度，2011年我院临床护理专业获得首批国家临床重点专科，在落实责任制整体护理、加强队伍建设、提升服务能力、丰富服务内涵、实施科学管理、帮扶基层医院等方面采取了一系列行之有效的措施，提升了专科水平和竞争力。目前，我院拥有中华护理学会（血液净化、ICU、手术室、肿瘤、PICC、急诊）、北京护理学会（血液净化、静脉治疗、ICU、手术室、急诊、造口、老年）13个专科护士培训基地和多家机构认证的造口治疗师学校实践基地，每年为国家培养近300名专科护士。
多年来，医院以优质的医疗水平与服务，成为了全国首屈一指的以治疗老年病为主的综合医院。全院每个科室都以老年病常见病、多发病的诊治为重点，建设起一批优良的老年病治疗与研究团队。
2015年3月，原国家卫生计生委正式批复同意在北京医院设置国家老年医学中心。国家老年医学中心的成立，将使老年医学领域的科学研究、临床医疗、康复护理与公共卫生政策、健康管理融为一体。国家老年医学中心的建设发展坚持高点定位和国际视野，积极开展我国老年相关疾病疑难危重症的诊断与治疗，示范、推广适宜有效的高水平诊疗技术；开展高层次老年医学人才教学培养，培养临床技术骨干和学科带头人；承担全国老年医学临床转化研究，针对老年健康有重大影响的疾病组织开展相关科学研究，及时将国内外临床科研成果转化为临床应用并进行有效推广等。国家老年医学中心未来将是融医疗、护理、科研、教学、预防、管理及政策制定的“七位一体”功能的重大疾病防治和健康管理的核心机构。
2016年7月，北京医院获批成为国家老年疾病临床医学研究中心，这是继2015年国家老年医学中心成功落户北京医院之后的又一支临床研究领域的国家队。
国家老年疾病临床医学研究中心的建设，采用“三级平台网络”构架，以北京医院为中心单位，与62家单位形成协同研究网络，其中包括21家协同创新核心单位和41家协同创新合作单位，覆盖全国范围内老年医学的优势专科，从而形成覆盖面广、临床资源丰富、管理规范、稳定可靠的临床研究网络。
国家老年中心和国家老年疾病临床医学研究中心都将以北京医院为依托，在国家卫生健康委员会和科技部的指导下，以老年医学为研究特色，以实现健康老龄化和老年人群的健康需求为导向，有针对性地解决老年疾病与功能维护问题，统筹我国老年学科的临床资源，与老年病学领域具有显著学术和技术优势的大型医院形成广泛合作，共同推进我国老龄健康建设工程，为积极应对人口老龄化提供有益支撑。
此外，我院还承担了多项临床教学工作。自2009年起，承担北京大学医学部临床医学八年制的全程临床教学工作，并于2015年正式成为北京协和医学院教学医院。截至2014年，我院共17个专业基地通过国家级住院医师规范化培训基地评审，成为全国第一批全科医师规范化培养基地项目建设单位。2011年投入使用的临床技能模拟培训中心，在教学工作中发挥了重要作用。
积极开展国际交流与合作，截至2014 年，已经与十几个国家和地区的医学院校和医疗机构建立了友好合作关系，为医院的人才培养和学科发展发挥了十分重要的作用。
在科研工作中，我院逐步形成北京医院科研特色与优势，近20年来共承担课题760项，获批科研经费6.9亿元。近十年来共获得院外科研成果41项。获批国家呼吸疾病临床医学研究中心、北京市新发突发传染病领域临床医学研究中心、国家卫生计生委老年医学重点实验室、北京市药物临床风险与个体化应用评价北京市重点实验、北京市临床检验工程技术研究中心。呼吸与肺循环疾病防治研究创新团队成功入选国家科技部首批“重点领域创新团队”。
近年来，医院数百次向对口支援单位派遣专家执行会诊、手术及常规支援任务，免费接收基层医务人员来院进修或访问，无偿捐助数百万元的诊疗家具、设备及药品，惠及新疆、宁夏、青海、湖北、甘肃、江西等地。同时，还推出医联体项目，和北京六家医院实行双向转诊，为患者便利就医打通了通道。
主办医学专业期刊5种,其中《中华老年医学杂志》、《中国神经免疫学和神经病学杂志》、《中国临床保健杂志》、《中国心血管杂志》为国家统计源期刊。
北京医院十分重视党的建设，发挥共产党员的先锋模范作用，有力地保障了各项业务的完成。历经两代党务工作者的统筹谋划和坚守耕耘，2015年实现了“全国文明单位、全国五一劳动奖状和全国五四红旗团委”三项荣誉的“大满贯”，在精神文明建设上跻身“国家队”行列。
此外，我院竭力打造高效的行政管理机构和完善的后勤保障系统。目前，医院有600多个车位的地下车库和国内先进的洗衣中心以及水、电、气供应系统，并设有消防中心和安全监控系统。同时，近几年也逐步对门诊、急诊、病房进行改造，为病人的就医环境提供更好的服务。
北京医院一直在党中央、国务院的亲切关怀下茁壮成长。自1949年以来，北京医院始终承担着党和国家领导人的干部医疗保健任务。在党中央、国家卫生健康委员会的亲切关怀和直接领导下，北京医院医务人员发挥艰苦奋斗和无私奉献的精神，始终坚持严密的组织和严格的管理，不断加强人才培养和思想道德建设。在几代北京医院人的共同努力下，我院已发展成为组织完备、人才荟萃、技术先进、设备精良和作风过硬的中央干部医疗保健基地，为干部医疗保健事业的创建和发展做出了重要贡献。1950年毛泽东主席为医院亲笔题写院名；周恩来总理曾殷殷嘱托：“一定要办好北京医院”；1992年江泽民总书记、李鹏总理分别为医院题词“优质服务、精益求精”和“前进中的北京医院”；2004年春节，胡锦涛总书记亲临医疗一线，慰问值班的医护人员。2005年，“庆祝北京医院建院100周年大会”在人民大会堂隆重举行，时任中共中央政治局常委、国家副主席曾庆红同志出席庆祝大会，向北京医院干部职工表示热烈祝贺，并为获奖人员颁发荣誉证书。时任中央政治局候补委员、中央书记处书记、中央办公厅主任、中央保健委员会主任王刚同志出席大会并讲话。党和国家几代领导人的亲切关怀与鞭策，鼓舞着北京医院一代又一代医护人员。
“永恒的希望，永恒的爱心”是贯穿北京医院发展进步的主旋律。110年风雨兼程，北京医院一次次帮助人们实现着健康的梦想。在百余年的发展历程中，北京医院人执著求索，铸就医魂——一个艰苦奋斗、无限忠诚、默默奉献和只争朝夕的魂魄。每一个时期，每一代人都肩负责任、秉承理想，为百年的历史画卷挥洒最美的色彩。在新的历史时期，北京医院牢固树立“以病人为中心”的服务理念，正确把握医院的发展定位，充分发挥公立医院的职能，创新干部医疗保健工作体系，强化医疗质量管理，加强重点学科建设，提高科研教学水平，加大人才培养力度，加快信息化建设步伐，使北京医院发展成为一所让党和国家放心，让人民群众满意的现代化医院和中央干部保健基地，为医疗事业的进步和人民群众的健康福祉做出更大贡献！