晋宁县第二人民医院是晋宁县成立最早的地方性政府医院，最早为晋宁县卫生院，始建于民国二十九年四月二十一日（1940年5月27日），1950年3月军管会接管，人员留用，改称晋宁县人民政府卫生院。
1956年12月，改称晋宁县人民医院。1958年1月昆阳县与晋宁县两县合并后，降级为晋城公社卫生所。1962年搬迁至现址（晋城晋东路26号）。
1963年3月，根据云南省委（62）150号文件精神，调整为集体所有制的晋城公社联合医院。 1986年1月9日，经昆明市卫生局（86）昆医卫字3号文批准，改为“晋宁县第二人民医院”，重新恢复建制为县级人民医院。2001年10月，医院引进电脑设备，实现全院联网，初步走上了医疗信息化道路。
晋宁县第二人民医院创守61年来，已发展成为一所规模齐全、功能完善的二级乙等医院。
组织机构
晋宁县第二人民医院现设有内科、外科、妇产科、儿科、急诊科、五官科、口腔科、中医科、检验科、放射科、防保科、药剂科、药械科、麻醉科、功能科、控感办、供应室、总务科、财务科、营养室、审计室、信息科（设统计室、图书室、信息化领导小组）、保卫科等20多个科室，拥有职工154人，各级各类专业技术人员127人，后勤人员23人，管理人员4人。其中专业技术人员中，副高职3人，中职29人，初职95人。
医院主要学科带头人和专家
罗建华，中医副主任医师，书记，院长。
杨绍武，外科主治医师，副院长。
杨 文，内科主治医师，副院长。
辛应甲，内科副主任医师，内科主任。
李光元，外科副主任医师。
特色专科
外科：外科现有专业技术人员近20人，高中初职比例配备恰当，专业技术人员多毕业于省内医学院校，并有多年外科临床经验，专业覆盖普外、泌尿外、脑外、骨科及胸外等五个专业，80%以上医务人员及护理人员在大学本科毕业后分别在省内外重点医院进修一年以上，具有很强的专业技术能力。
科内配有腹腔镜1台（德国进口，价值68万元）、 完整的术后心电监护机及给氧系统等设备，能开展各种普通外科手术、大多数肝胆手术、腹腔镜胆囊摘除术、腹腔镜肾囊肿切除术、腹腔镜卵巢囊肿切除术、甲状腺次切除术，能独立开展胃大部切除术和多种肠肿瘤切除术，骨科专业能开展四肢脊柱及多种骨病的手术治疗，可进行多种难治性尿路结石的手术治疗，能进行肾切除术、前列腺摘除术及膀胱切除术。
本院外科与省内著名医院和著名专家有密切业务联系，根据患者及病情需要，可及时邀请专家到本院外科进行诊治和手术，特殊检查可及时与他们联系优先进行。
麻醉科：麻醉科现有进口欧美达110型麻醉机1台（价值20万）、进口高级亚气电刀1台、进口麻醉监护设备2台以及完整的消毒灭菌设备，能够开展小儿麻醉、成人静吸全麻、椎管内麻、神经组织麻醉，能支持外科手术及术后重症监护。
内科：内科现有高中初级各种专业技术人员20多人，科内配有电子胃镜、心电图监护仪、心电图机、血糖测量仪、综合治疗仪、超声雾化治疗仪等设备，能诊治内科各系统疾病，尤其在抢救治疗各种急慢性心血管疾病（如脑出血、脑梗塞、心肌梗塞、心律失常）方面积累了不少经验，在诊治消化道出血、糖尿病、甲亢、骨质增生、前列腺增生等疾病方面具有专科优势。
急诊科：急诊科成立于1992年，现有医护人员11人，除个别为中专学历外，其余全部达到大专以上学历，现有设备主要有洗胃机、心电图机、心电监护仪、吸痰器、超声雾化治疗仪，能进行各种农药中毒、毒鼠药中毒、安眠药中毒、一氧化碳中毒、食物中毒、乙醇中毒、海洛因中毒的抢救诊治，能诊治各类心脏病、高血压、脑血管意外、支气管哮喘、普通胃气、肠气、肺气的抢救治疗，尤其对有机磷类农药中毒的抢救具有专科优势。
对于危重病人，能快速组织抢救使病情稳定后，及时送上级人民医院治疗。
中医科和骨伤科：中医科秉承中华传统医学理论、结合多年临床实践经验进行辩证施治，对疑难杂症、常见慢性病的治疗有丰富的组方经验；骨伤科在外敷中草药的基础上开展针灸、推拿及智能六合仪等多种治疗方法，对风湿关节炎、肩周炎、腰肌劳损、偏头痛、坐骨神经痛、牙痛、骨质增生、面神经麻痹、软组织挫伤、落枕等疾病用药物导入、磁疗、热疗、电疗、针灸、推拿等治疗方法均取得显著疗效。
科内根据传统医学配方结合多年临床实践经验自发配制有各种内服、外用药酒，在临床使用中具有显著疗效。