新疆维吾尔自治区肿瘤医院暨新疆医科大学附属肿瘤医院、新疆医科大学第三附属医院、新疆医科大学第三临床医学院成立于1989年12月，是自治区单一一所集医疗、教学、科研、预防和继续医学教育为一体的三级甲等肿瘤专科医院。新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所、自治区肿瘤防治办公室、自治区抗癌协会、自治区放射治疗质量控制中心等机构挂靠在我院。
经过近20年的建设和发展，新疆医科大学附属肿瘤医院现占地9.5万平方米，建筑总面积达15.79万平万米，固定资产5亿余元。设置30个临床科室，16个医技检查科室，28个职能科室。医院现开放床位1400张，年门诊量近10万人次,年收治病人24000余人次，年手术11000余例。医院现有职工1200余人，专业技术人员1029人，其中高级专业技术人员120余人，中级160余人，享受国务院特殊津贴专家3人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，自治区个性专家3人。医院为新疆医科大学肿瘤专科硕士研究生学位授权点,目前有博士研究生导师4人，硕士研究生导师38人。每年承担新疆医科大学本科教学任务及研究生的培养工作。在院研究生200余人，目前正在积极申报肿瘤学博士点和国家药物临床试验基地。
新疆医科大学附属肿瘤医院在全面提高医疗技术水平的同时，重点强化学科建设，坚持“大专科、小综合”的学科发展思路，打造优势学科、品牌学科，着力培育具有我院特色的学科体系，逐步形成了“外科是龙头、放疗是特色、内科是基础、病理是保障、辅助检查是支撑”的学科发展局面。
新疆医科大学附属肿瘤医院现设有肿瘤外科专业十一个：分别是神经肿瘤外科、头颈肿瘤外科、甲状腺肿瘤外科、乳腺肿瘤外科、胸部肿瘤外科（肺与纵隔病区、食道与贲门病区）、胃肠肿瘤外科（胃与后腹膜病区、肠病区）、肝胆胰肿瘤外科、泌尿肿瘤外科、骨与软组织肿瘤外科、妇科肿瘤外科、肿瘤介入治疗科；肿瘤内科专业四个：肺癌肿瘤化疗科；泌尿、生殖及不明原因转移癌化疗科；淋巴瘤、血液及乳腺癌肿瘤化疗科；消化肿瘤化疗科。肿瘤放射治疗专业四个:头颈部肿瘤放疗科、胸腹部肿瘤放疗科、乳腺肿瘤放疗科、妇科肿瘤放疗科。医院还开设有中西医结合科。医院医技科室设有病理诊断中心、临床检验中心（内设临检室、生化室、细菌室、免疫室、艾滋病初筛实验室）、放射治疗中心、内窥镜诊断中心、影像诊断中心（放射诊断科、CT室、磁共振室、B超诊断科、核医学科）、心肺功能科、输血科等。医院综合医疗科可开展各种常见病、心血管病、中老年病、内分泌、神经系统等疾病的诊治。急诊科还可开展各种急危重症的抢救与诊治。
2001年4月我院与香港著名爱国人士李嘉诚先生达成协议，由李嘉诚先生出资捐助建立新疆医科大学附属肿瘤医院宁养院，在全国宁养基金会每年投入100万元的基础上，医院每年配套资金20万元，六年来为全疆3500余位各族贫困晚期癌症患者免费提供上门诊疗、心理咨询等服务，医院还组成了由青年医护人员为主体、社会志愿者积极参与的宁养义工队伍和抗癌之家。
近几年，新疆医科大学附属肿瘤医院为了不断提高医疗质量和服务水平，多渠道筹资，先后投入近3亿余元购进先进的医疗诊治设备，其中放疗中心设备：具有世界放疗技术较高水平的美国瓦里安IGRT直线加速器，该加速器具有CT融合技术，可在图像引导下开展适形个性化调强放疗；美国瓦里安2300C/D、23EX、600 C/D 3台直线加速器和TPS治疗计划系统，可开展国际先进水平的三维立体动态适形放疗和动态调强治疗及头部X刀；后装治疗机，高能超声聚焦刀，强生前哨淋巴结探测仪、麦默通乳腺微创旋切系统等肿瘤治疗设备；用于肿瘤介入治疗的飞利浦1000mA大C臂数字减影机。影像诊断中心设备：飞利浦、西门子、GE、日立等品牌共12台高档彩色多普勒B超机。全数字化胃肠机、飞利浦CR、飞利浦数字X线摄影系统（DR）、乳腺钼钯机、飞利浦大孔径CT（用于放疗定位）、飞利浦多层螺旋CT、西门子SPECT/CT、飞利浦ECT 、GE1.5T双梯度核磁共振。内镜诊治中心设备：德国雪力乳腺导管内窥镜系统、全套进口电子内窥镜、胸腹腔镜、宫腔镜。临检中心和病理诊断中心设备：贝克曼全自动生化分析仪、全自动血球分析仪、罗氏电化学发光仪、尿沉渣检测仪、酶标仪、自动封片染色仪。
新疆医科大学附属肿瘤医院拥有一批享誉区内外的老中青专家及学科带头人，以我区特高发肿瘤疾病为研发重点，形成了肿瘤以手术治疗，放射治疗，药物治疗，介入治疗，高能超声聚焦治疗（热疗）为特色的多学科综合治疗体系。肿瘤的诊疗在自治区处于领先水平，某些项目达到国内先进水平，个别项目达到国际先进水平。
自建院以来，新疆医科大学附属肿瘤医院始终贯彻“患者至上”的服务理念，秉承“以病人为中心，以事业为中心，以社会为中心”的宗旨，从严治院，强化管理，完善功能，谋求医院全面协调可持续发展，各方面都取得了可喜成绩。近几年医院先后荣获多项荣誉：全国卫生系统先进集体；全国卫生、科技、教育三下乡先进集体；自治区“十佳”医院；自治区先进基层党组织；自治区级文明单位；自治区行风建设个性单位；自治区纠风工作先进集体；自治区职业道德建设“十佳”单位；自治区教育系统民主管理先进单位；自治区城市医务人员下乡服务先进集体;全国医院文化建设先进单位。