朱肱著有《类证活人书》与《北山酒 经》、《内外二景图》。《类证活人书》原名 《伤寒百问》，后改名为《类证活人书》或《南阳活人书》，这部书也是他医学成就最大 的。全书共二十卷，以问答为体例，首倡以经络论六经方证，提出“因名识病，因病识 证”，强调脉证合参以辨病性，详释张仲景《伤寒论》中的112个正方，又从王焘编著的 《外台秘要》、孙思邈的《千金方》、王怀隐的《太平圣惠方》等各家的著述中选了 126个 杂方进行详解。
该书对妇人、小儿伤寒病证及方药也有论述。是较早专门研究《伤寒论》著 作之一。朱肱研究伤寒最重经络，朱肱在其《类 证活人书》中首次将《伤寒论》所说的太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴三阴三 阳称为“六经”《活人书》谓：“治伤寒先 识经络，不识经络，触途冥行，不知邪气之所在”，并绘制足六经“经络图”。
在用经 络循行部位和生理特点解释伤寒传变的特点，例如：“足太阳膀胱之经，从目内眦上 头连于风府，分为四道，下项并正别脉上下六道以行于背与身为经。太阳之经为诸阳主 气，或中寒邪，必发热而恶寒。
缘头项腰脊，是太阳经所过处，今头项痛，身体疼， 腰脊强，其脉尺寸俱浮者，故知太阳经受病也。 ”他还特别强调脉证合参以辨别病症的表 里阴阳。他说：“大抵问而知之以观其外，切 而知之以察其内，证之与脉不可偏废。
”他强调表里虚实阴阳是伤寒辨证的大纲，尤以阴 阳两纲最为重要，指出“治伤寒须识阴阳二证”，“治伤寒须辨表里，表里不分，汗下差 误”。并明确指出了各种脉证一般的阴阳表里性质，他还将常见的主要脉象，按阴阳表里进 行分类，所谓“七表阳也”，即“浮芤滑实弦紧洪属于表”；“八里阴也”，即“迟缓微涩 沉伏濡弱属里”。
他是最早的论脉分纲领的医者。他对外感热病分类命名，施以不同方 药，在鉴别诊断和治疗方面具有独到见解。朱 肱认为：“天下之事，名定而实辨，言顺则事成，又况伤寒之名，种种不同……不得其名， 妄加治疗，往往中暑乃作热病治之反用温药；湿温乃作风温治之复加发汗名实混淆，是 非纷乱，性命之寄，危于风烛。
”因此，他具体地将伤寒与伤风、热病、中暑、温病、温 疟、风温、温疫、中湿、湿温、瘗病、温毒等病名区分开来，认为“名定而实辨”这样才 可“因名识病，因病识证”，而治无差误。
他所论述的正病名的问题，实际上强调了疾病的 鉴别诊断。论方药加减并补《伤寒论》之不足。朱 肱研究《伤寒论》的过程中，认识到，处方时 应该考虑方子与病症相合，灵活加减，不能用现成的方子去治病，并详述了方药的加减之法，并主要着眼病机增减方药，以药合证，这 在当时是一个飞跃。
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