吉林大学第二医院，原名白求恩医科大学第二临床学院，创建于1948年，前身是始建于1936年的伪满新京特别市立医院，从1950年起，先后更名为军委长春军医大学第二学院、第三军医大学第二学院、第一军医大学第二临床学院，1958年集体转业后，称为长春医学院第二临床学院，1959年改名为吉林医科大学第二临床学院，1978年8月正式定名为白求恩医科大学第二临床学院。2000年6月五校合并后改名为吉林大学第二医院。
吉林大学第二医院地处长春市中心，占地面积41364平方米，建筑面积69918平方米。
学院是一所综合性临床学院，设有医学二系、妇幼卫生系及吉林省呼吸病研究所、吉林省眼病防治中心、吉林省围产医学研究中心、东北地区母乳喂养培训中心、吉林省皮肤性病防治研究所、吉林省消化内镜诊疗中心、吉林省心血管病介入治疗中心、吉林省脊柱外科治疗中心、吉林大学糖尿病胰岛素泵强化治疗中心及肿瘤防治中心和眼病防治中心两个分部。是卫生部临床药理基地和卫生部国际紧急救援中心网络医院。共有27个临床科室，12个医技科室，15个教研室，17名博士生导师，96名硕士生导师，拥有床位1000张。医院的仪器设备不断更新，有国际领先的核磁共振机、数字减影机、MX8000D多排螺旋CT机、眼科准分子激光曲光系列矫正仪、全国领先的NT系列内镜图像显示仪、彩色多普勒、眼科氩/氪激光机和YAG激光机、全自动生化分析仪、直线加速器、钴60放射治疗机等大型仪器设备300余台件。在院职工1248名，其中高级职称人员203名，中级职称人员478名，各级护理人员403名。每年完成约1.4万人次的住院病人和50余万人次的门诊医疗任务。而且还承担本校医学二系、妇幼卫生系、口腔医学系800余名本科生和本校成人教育学院、护理学院等学生的临床教学任务。同时，培养了大批研究生和进修生，自2000年以来，学院先后获得国家教委、卫生部、省、市级科研成果奖84项，发表各级学术论文1402篇，开展新技术新疗法95项。
妇产科和眼科是本校重点临床科室，医疗、科研力量雄厚、人员梯队合理，担负着全省的医疗会诊任务，妇产科多年来在围产监测和先天性神经管缺陷宫内诊断的研究等方面，在国内领先，先后受卫生部委托举办多期培训班推广应用。近年来，又开展了宫腔镜、腹腔镜、阴道镜、远程胎儿监护及试管婴儿技术，提高了妇产科诊疗水平。妇幼卫生系在妇女、儿童保健方面，做了大量的工作，被世界卫生组织儿童基金会指定为“中国基层妇幼保健/计划生育”合作项目大区专家组。眼科在国内首先开展眼房水动力学研究，研制成眼房水荧光光度计，为探索青光眼发病机理和药物降压机制提供一个新手段，近年来，又利用基因技术对产前及新生儿视网膜母细胞瘤的诊断和研究处于国内分子医学前沿，并研制出具有国际水平的眼底图像计算机处理系统。引进的准分子激光治疗机，为近视、弱视治疗打开了新局面。论文发表在《中华眼科杂志》上；呼吸内科通过免疫学、胺类血管药物代谢及药代动力学的研究取得了一定的成绩，近年来又开设了哮喘门诊，在吉林省享有较好声誉，在2003年春夏之交的抗“非典”斗争中，做出了突出的贡献；泌尿外科采用电切法治疗前列腺增生，效果较好；骨科研制出梯形系列自动加压钢板，荣获国家发明三等奖，另有蟹钳式骨折固定把持器等三项成果获得国家发明专利权。近来又采用钕激光治疗尖盘突出症，效果明显；心血管内科在省内率先成功地开展了导管射频治疗快速心律失常及风心病二尖瓣狭窄球囊分离术，现已成功开展了心脏病介入治疗2000余例，无一例死亡；胸心外科进行了将影像学诊断与纤维支气管镜检查相结合的探讨，开展了经纤维支气管镜肺穿刺吸引细胞学检查（TBAC）技术，填补了当时国内空白，2001年又开展了省内首例小切口非体外循环心脏不停跳下冠脉搭桥术；皮肤科开展了ABC法检测孢子丝菌病病理组织中原体的研究，据当时查新报告，达到国际水平，填补国内空白；耳鼻喉科采用硬腭缩短—腭咽成形术治疗阻塞性睡眠呼吸暂停综合症，脑外科与骨科合作，成功地摘除了颈髓髓内星形肿瘤达到了国内先进水平；内镜室在九十年代初便开展了镜下治疗消化性溃疡及结扎术治疗食管静脉曲张出血收到了良好的效果，此外基本外科利用腹腔镜技术治疗胆石症，减轻了病人的痛苦；肾病内科成功地开展肾移植术近100例；中医科在治疗男性病、肝病、发热等方面远近闻名；针灸科开展的少取穴控制传导不留针法，在国际大会上演示受到国外专家的好评，近来又开展了针刺减肥疗法，效果较好。
改革开放以来，多次接收日本、美国、加拿大、韩国等研究人员来院学习中医、针灸技术，并不断向美国、日本、韩国、俄罗斯、奥地利、澳大利亚等国家派出专业人员研修、考察，同时邀请了一些国外学者来院讲学、访问，并聘请名誉教授、顾问等多人，并与韩国延世大学Severance院结为友好医院，加强了学术交流和友好往来。
1993年9月学院通过了卫生部检查团的验收检查，为吉林省内综合医院首家国家级爱婴医院，1994年4月又进入卫生部三级甲等医院行列。2001年10月在中华医学会举办的“让患者明明白白看病，争创百姓放心医院”活动中被评为全国首批“百姓放心医院”。
当前，院领导班子正带领全院职工认真实施医院的“十五”计划，落实“百姓放心医院”三个主题。同时，认真贯彻十六届三中全会精神，巩固发展改革成果，为在入世后的新形势下早日把医院建成具有一流的环境、一流的设备、一流的技术、一流的管理、一流的服务、一流的质量、一流的信誉、一流的效益的社会主义现代化临床学院而奋斗着。
核磁共振机、数字减影机、MX8000D多排螺旋CT机、眼科准分子激光曲光系列矫正仪、全国领先的NT系列内镜图像显示仪、彩色多普勒、眼科氩/氪激光机和YAG激光机、全自动生化分析仪、直线加速器、钴60放射治疗机等
1993年9月学院通过了卫生部检查团的验收检查，为吉林省内综合医院首家国家级爱婴医院，1994年4月又进入卫生部三级甲等医院行列。2001年10月在中华医学会举办的“让患者明明白白看病，争创百姓放心医院”活动中被评为全国首批“百姓放心医院”。