北京军区总医院成立于1913年，分东、西两院。东院位于北京市东三环麦子店，西院位于北京市东四繁华商业区，是一所历史悠久、设备精良、技术先进，集预防、保健、医疗、科研、教学、康复为一体的大型综合性医院。床位1600余张;下设50个专科、70多个专业，是解放军第二军医大学北京临床医学院、第三、第四军医大学临床教学医院，1995年5月被总后勤部授予“三级甲等医院”，2001年被北京市确定为首批医疗保险定点医院。
北京军区总医院拥有一批设备先进、技术力量雄厚的专科中心。全军中心(所)8个：全军创伤骨科研究所、全军普通外科诊治中心、全军肝病治疗中心、全军计划生育优生优育技术中心、全军肿瘤内科诊治中心、全军皮肤病，治中心、全军药物研究重点实验室、全军儿科诊治中心。军区中心(所)10个：军区心肺血管疾病研究所、军区消化内科研究诊疗中心、军区神经内科研究诊疗中心、军区呼吸内科研究诊疗中心、军区胸外科研究诊疗中心、军区诊断病理研究中心、军区肝胆外科研究诊疗中心、军区肾内科研究诊疗中心、军区糖尿病研究诊疗中心、军区烧伤整形重点专科。
北京军区总医院有各类卫生技术人员在2800多名;设有国家批准的博士、博士后科研工作站，高级职称技术人员500名，硕士、博士研究生400余名;临床医学教授、副教授200名，博士、硕士生导师80名;享受政府津贴的知名专家50名。
北京军区总医院相继成功地开展了多种移植技术，包括：自体骨髓移植、外周血造血干细胞移植、肝移植、心脏移植、肾移植、角膜移植、血管移植、甲状旁腺移植等。已开展的放射介入，肿瘤综合治疗。癫痫病的检测、监测、治疗，各类肝病的治疗，各类骨伤、骨病治疗，危重病人抢救、监护等等业务技术，均形成了医院医疗特色和优势。同时，医院每年开展上百项新业务、新技术，使许多疑难病得到有效诊治，许多复杂手术和重大抢救获得成功，一些诊断治疗技术达到国内先进水平。
北京军区总医院在好大夫在线上讨论最多的疾病有白癜风、乳腺纤维瘤、直肠癌、乳腺癌、颈椎病、抑郁症、乳腺疾病、腰椎间盘突出、脑肿瘤、脑外伤、人工关节置换等。
总的来说，北京军区总医院是家口碑相当不错的医院，在2005年10家百姓信赖医院的评选中，位居榜首。